在gromacs中計算水的頻率依賴的介電常數

這裡使用tip4p這種水計算其靜止介電係數與頻率依賴的介電常數，相關輸入檔案使用version 2018.1的gromacs自帶的tip4p.gro和tip4p.itp檔案。

在linux終端中輸入

gmx solvate -cs tip4p.gro -o conf.gro -box 4.11

4.54.9
-p topol.top

如果是要重複文獻中的實驗，則需要根據文獻修改以下過程中的.mdp檔案引數。特別注意約束方式和fs，還有就是模擬時間，以及最小鍵程截斷，這些都會影響最終的結果。詳細過程可以參考我的另一篇文章

gmx grompp -f minim.mdp -c conf.gro -p topol.top -o em.tpr

gmx mdrun -v -deffnm em

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr

gmx mdrun -v -deffnm nvt

gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr

gmx mdrun -v -deffnm npt

gmx dipoles -corr total -c -f npt.trr -s npt.tpr

gmx dielectric -f dipcorr.xvg -eps0 53.2129

-ffn aexp

xmgrace epsw.xvg

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