一：利用pdb檔案產生gromacs能識別的檔案。
pdb2gmx -f 2nw7.pdb -o conf.gro -p topol.top -i posre.itp -n clean.ndx -q clean.pdb -water tip3p
二：決定進行模擬的空間大小（建議不使用該命令）
editconf -f conf.gro -o editconf.gro -box 10nm
三：產生可以用pymol檢視的檔案
editconf -f editconf.gro -o pymol.pdb
四：進行能量最小化
先編寫em.mdp
integrator= steep
nsteps= 200
nstlist= 10
rlist= 1.0
coulombtype= pme
rcoulomb = 1.0
vdw-type = cut-off
rvdw = 1.0
nstenergy = 10 然後
grompp -f em.mdp -po mdout.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol.tpr
mdrun -s topol.tpr -o traj.trr -x traj.xtc -c confout.gro -e ener.edr -g md.log
得到結果
potential energy = -1.8466966e+05
maximum force = 8.7827275e+03 on atom 7711
norm of force = 1.4047519e+02
五：判斷結構的合理性（rmsd）
g_rms -s topol.tpr -f traj.trr -o rmsd.xvg
xmgrace rmsd.xvg
六：比較結構擾動與結構因子的關係。
g_rmsf -f traj.trr -s topol.tpr -o rmsf.xvg
xmgrace rmsf.xvg
七：檢視二級結構
do_dssp -f traj.trr -s topol.tpr -o ss.xpm -sc scount.xvg
xpm2ps -f root.xpm-o plot.eps
八：distance and hydrogen bonds
make_ndx -f conf.gro -o index.ndx
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這裡使用tip4p這種水計算其靜止介電係數與頻率依賴的介電常數，相關輸入檔案使用version 2018.1的gromacs自帶的tip4p.gro和tip4p.itp檔案。在linux終端中輸入 gmx solvate cs tip4p.gro o conf.gro box 4.11 4.54.9...
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