前期小王子已經更過單基因生信分析--差異分析&生存分析，今天，小王子跟大家一起學習如何進行下游挖掘，也就是本期主打的單基因下游富集通路，以下以tcga資料庫中的lihc資料為例，跳躍的部分大家可以結合著前期推送一起看。
######整理基因表達資料######rm(list = ls())library(data.table)library(magrittr)expr 'tcga-lihc.htseq_fpkm.tsv.gz',h=t,check.names = f)ann 'gencode.v22.annotation.gene.probemap',h=t)expr2 1:library(limma)expr2 -1],id=expr2$gene) %>% expr3 as.data.frame(t(expr2))expr4 ###將基因按照首字母排列######進行相關性分析######gene "a1bg"]) col data for (i in 1:length(col))######設定篩選條件，獲得最終的顯著相關基因######names(data) "gene",sig_data $pvalue%as.data.frame()go data$entrezid, orgdb = org.hs.eg.db, ont=kegg data$entrezid,organism =
五、go和kegg富集分析結果水平柱形圖的展示：由於go富集到了275條通路，這裡根據p.adjust選取前20條進行展示；而kegg一共富集到9條密切相關通路，這裡完全展示。
######繪製go水平柱狀圖######go1 $p.adjust)[1:20],] go1$p.adjust $p.adjust)go1$generatio $ontology==##將generation變為百分比，以便後續繪圖使用library(ggplot2)ggplot(go1,aes(description,count,fill=p.adjust))+ geom_bar(stat = "identity")+ coord_flip()+ scale_fill_gradient(low="blue",high="red")+ labs(x="",fill="-log10(adj.p)")+ ggtitle("top20 go enrichment of our genes")+ theme_bw()+ theme(axis.title = element_text(size = 16), axis.text = element_text(size = 12), legend.title = element_text(size = 12), plot.title = element_text(size = 18,face = "bold",hjust = 0.5))#題目設定：face = "bold"加粗字型；hjust = 0.5位置居中##go1為輸入資料框，將description作x，count作y，繪圖後再利用coord_flip()進行x、y軸轉換，實現水平柱狀圖的繪製；##scale_fill_gradient(low="blue",high="red")設定漸變色(越紅p值越顯著)；ggtitle("")設定題目；theme設定主題背景、字型等。
######繪製keg**平柱狀圖######kegg$p.adjust
六、go和kegg富集分析結果氣泡圖的展示：
######go氣泡圖######ggplot(go1,aes(generatio,reorder(description,generatio),color=p.adjust,size=count))+ geom_point(shape=19)+ scale_color_gradient(low = "green",high = "red")+#設定氣泡漸變色 scale_size_continuous(range = c(2,9))+ #設定氣泡大小範圍 labs(x="generatio(%)",y="",color="-log10(adj.p)",size="gene count")+ ggtitle("top20 go enrichment of our genes")+ theme_bw()+ theme(axis.title = element_text(size = 16), axis.text = element_text(size = 12), legend.title = element_text(size = 12), plot.title = element_text(size = 18,face = "bold",hjust = 0.5))參考： 1.r-視覺化基礎(4)—— go/kegg柱狀&氣泡圖--《醫學僧的科研日記》
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