其中各列名稱的含義
xls中的座標是基於1的，與bed格式不同。要注意的是xls裡的座標和bed格式的座標還不一樣，起始座標需要減1才與narrowpeak的起始座標一樣。
上篇文章中所有的圖都是利用這個檔案作出來的
_peaks.narrowpeak檔案是bed6+4格式，可以上傳到ucsc瀏覽。該檔案可以直接載入到ucsc基因組瀏覽器。目前主要作用是利用它在r語言中作圖。這個檔案相當於是_peaks.narrowpeak檔案的縮減版。bed格式的檔案，包含peak的summits位置，第5列是pvalue。如果想找motif，推薦使用此檔案。包含峰的位置資訊和pvalue 。
bdg檔案採用bedgraph格式，可以匯入ucsc基因組瀏覽器或轉換為更小的bigwig檔案。有兩種bdg檔案：treat_pileup和control_lambda。
bdg檔案適合匯入ucsc或igv進行譜圖視覺化，或者轉換為bigwig格式再進行視覺化。
是乙個r指令碼，可用於根據資料生成有關模型的pdf影象。
CHIPSeq的原理和應用
染色質免疫共沉澱技術 chipseq，也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與相互作用的有力工具，通常用於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將與第二代測序技術相結合的技術，能夠高效地在全基因組範圍內檢測與組蛋白 轉錄因子等互作的區段。chipseq的原理是 首先通過染色質免疫共沉澱技術 特...
core檔案的產生
檢視core檔案產生的條件限制 ulimit a 1.在當前的shell視窗下設定產生core檔案的條件 ulimit c unlimited 或 ulimit c 1024 2.設定當前的賬戶產生core檔案 在特定的使用者環境下開啟core檔案產生的設定 在使用者的 bash profile裡加...
IETF產生的檔案
ietf產生兩種檔案，乙個叫做internet draft，即 網際網路草案 第二個是叫rfc，它的名字 是歷史原因的，原來是叫意見徵求書，現在它的名字實際上和它的內容並不一致。internet draft任何人都可以提交，沒有任何特殊限制，而且其他的成員也可以對它採取乙個無所謂的態度，而ietf的...