區別samtools faidx產生的.fai檔案功能和bwa index 產生的四個檔案的功能
samtools faidx 能夠對fasta 序列建立乙個字尾為.fai 的檔案,根據這個.fai 檔案和原始的fasta檔案, 能夠快速的提取任意區域的序列
用法:samtools faidx input.fa
該命令對輸入的fasta序列有一定要求:對於每條序列,除了最後一行外, 其他行的長度必須相同,
one最後生成的.fai檔案如下, 共5列,\t分隔;atgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcat
gcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgc
atgcat
two another chromosome
atgcatgcatgcat
gcatgcatgcatgc
one 66 5 30 31
two 28 98 14 15
第一列 name : 序列的名稱,只保留「>」後,第乙個空白之前的內容;
第二列 length: 序列的長度, 單位為bp;
第三列 offset : 第乙個鹼基的偏移量, 從0開始計數,換行符也統計進行;
第四列 linebases : 除了最後一行外, 其他代表序列的行的鹼基數, 單位為bp;
第五列 linewidth : 行寬, 除了最後一行外, 其他代表序列的行的長度, 包括換行符, 在windows系統中換行符為\r\n, 要在序列長度的基礎上加2;
提取序列:
samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa
samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa
訊號的產生
ctrl c 2 sigint 終止 中斷 int interrupt ctrl z 20 sigtstp 暫停 停止 t terminal 終端,停止當前跟終端互動的程序。ctrl 3 sigquit 退出 除0操作 8 sigfpe 浮點數例外 f float 浮點數。非法訪問記憶體 11 si...
產生素數的演算法
solovag strasson robert solovag和volker strasson開發了一種概率的基本測試演算法。這個演算法使用了雅可比函式來測試p是否為素數 1 選擇乙個小於p的隨機數a。2 如果 a,p 1,那麼 p 通不過測試,它是合數。3 計算j a p 1 2 mod p。4 ...
core檔案的產生
檢視core檔案產生的條件限制 ulimit a 1.在當前的shell視窗下設定產生core檔案的條件 ulimit c unlimited 或 ulimit c 1024 2.設定當前的賬戶產生core檔案 在特定的使用者環境下開啟core檔案產生的設定 在使用者的 bash profile裡加...