samtools faid產生的 fai檔案詳解

2021-09-27 07:30:54 字數 891 閱讀 8572

區別samtools faidx產生的.fai檔案功能和bwa index 產生的四個檔案的功能

samtools faidx 能夠對fasta 序列建立乙個字尾為.fai 的檔案,根據這個.fai 檔案和原始的fasta檔案, 能夠快速的提取任意區域的序列

用法:samtools faidx input.fa

該命令對輸入的fasta序列有一定要求:對於每條序列,除了最後一行外, 其他行的長度必須相同,

one

atgcatgcatgcatgcatgcatgcatgcat

gcatgcatgcatgcatgcatgcatgcatgc

atgcat

two another chromosome

atgcatgcatgcat

gcatgcatgcatgc

最後生成的.fai檔案如下, 共5列,\t分隔;

one 66 5 30 31

two 28 98 14 15

第一列 name : 序列的名稱,只保留「>」後,第乙個空白之前的內容;

第二列 length: 序列的長度, 單位為bp;

第三列 offset : 第乙個鹼基的偏移量, 從0開始計數,換行符也統計進行;

第四列 linebases : 除了最後一行外, 其他代表序列的行的鹼基數, 單位為bp;

第五列 linewidth : 行寬, 除了最後一行外, 其他代表序列的行的長度, 包括換行符, 在windows系統中換行符為\r\n, 要在序列長度的基礎上加2;

提取序列:

samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa

samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa

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