染色質免疫共沉澱技術（chipseq，也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與相互作用的有力工具，通常用於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將與第二代測序技術相結合的技術，能夠高效地在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的區段。
chipseq的原理是：首先通過染色質免疫共沉澱技術（特異性地富集目的蛋白結合的片段，並對其進行純化與文庫構建；然後對富集得到的片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標籤精確定位到基因組上，從而獲得全基因組範圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的dna區段資訊。
對客戶提供的樣品（如果有陰陽參啟動子區域或序列的）進行定量檢測，檢測合格後進行測序文庫構建、成簇（cluster generation）擴增、高通量測序。基本資料分析資料產出統計：對測序結果進行影象識別（base calling），去除汙染及接頭序列；統計結果包括：測定的序列（長度、數量、資料產量。標準高階資料分析內容包括:chipseq序列與參考序列比對；
peak caling：
統計樣品peak資訊（峰檢測及計數、平均峰長度、峰長中
深度；給出每個樣品吳聯基因列表及go功能注釋；在多個樣品間，對與
關聯基因做差異分析。
ChIP seq產生的檔案 解讀
其中各列名稱的含義 xls中的座標是基於1的，與bed格式不同。要注意的是xls裡的座標和bed格式的座標還不一樣，起始座標需要減1才與narrowpeak的起始座標一樣。上篇文章中所有的圖都是利用這個檔案作出來的 peaks.narrowpeak檔案是bed6 4格式，可以上傳到ucsc瀏覽。該檔...
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