功能：提供顏色。
返回值：表示顏色的字元。
darkcolors(n)
seqcolors(n)
seqcolors2(n)
divcolors(n)
功能：對featureset擬合robust probe level linear models。
返回值：oligoplm物件。
fitprobelevelmodel(object, background=true,
normalize=true, target="core", method="plm", verbose=true,
s4=true, ...)
注釋object
featureset物件。
target
描述彙總目標。預設為」core」。可輸入」probeset」,」core」(gene/exon),」full」(exon),」extended」(exon)
verbose
顯示程序。預設為true。
注意：由於oligo包讀取的檔案物件與affy包讀取的檔案物件不同，因此無法使用affyplm包中的fitplm函式擬合探針水平模型。oligo包讀取的物件只能使用oligo包中的這個函式擬合探針水平模型。
功能：從注釋包中提取netaffx生物學注釋資訊。
返回值：annotateddataframe。
getnetaffx(object, type = "probeset")注釋object
expressionset。（rma處理的得到的物件）
type
「probeset」或」transcript」。預設為」probe」。取決於彙總的型別。
注意：這個函式只能用於exon st和gene st晶元。type引數必須與彙總結果相符合。rma演算法提供了兩種型別的目標。」probeset」(target=」probeset」),」transcript」(target=」core」,」full」,」extended」)
功能:對每個晶元生成pseudo-image。
返回值：pseudo-image。
## s4 method for signature 'featureset'
image(x, which, transfo=log2, ...)
## s4 method for signature 'plmset'
image(x, which=0,
type=c("weights","resids", "pos.resids","neg.resids","sign.resids"),
use.log=true, add.legend=false, standardize=false,
col=null, main, ...)
featureset物件。
which
生成的晶元的編號。
type
使用的統計資料的型別。」weights」,」resids」, 「pos.resids」,」neg.resids」和」sign.resids」。
功能：對每個探針進行pa判斷。
返回值：若method=」dabg」 或 「mas5」返回矩陣；若method=」psdabg」，返回p值。
pacalls(object, method, ..., verbose=true)注釋object
exon/gene/expression-featureset物件
method
處理方法。可選」dabg」,」psdabg」(exon/gene)或」mas5」(expression)。
注意：對於 whole transcript arrays (exon/gene) 來說，可選的method是 「dabg」 (p-values for
each probe) 和 「psdabg」 (p-values for each probeset)。對於 expression arrays 來說，只能選」mas5」。
功能：讀取cel檔案。
返回值：
expressionfeatureset if expresssion arrays
exonfeatureset if exon arrays
snpfeatureset if snp arrays
tilingfeatureset if tiling arrays
read.celfiles(..., filenames, pkgname, phenodata, featuredata,
experimentdata, protocoldata, notes, verbose=true, samplenames,
rm.mask=false, rm.outliers=false, rm.extra=false, checktype=true)
注釋filenames
讀取的cel檔名
注意：讀取cel檔案的時候推薦輸入包含路徑的檔名(全檔名)。即上一步使用**list.celfiles(celpath, full.name = t)。無論cel檔案是否被壓縮均可讀取。
功能：列出目錄下檔名中含有」.cel」或」.cel」的檔名。
返回值：包含檔名的vector。
引數注釋
filenames
讀取的cel檔名
full.name
預設為false。若為true，則顯示的檔名包含路徑，推薦設定為true。
listgzipped
cel檔案是否是被壓縮。預設為false。
注意：與affy包中的list.celfiles不同的是，oligo包中的該函式只能列出被壓縮的cel檔案或是不被壓縮的cel檔案，不能同時列出。因此需要設定引數listgzipped。
GEOquery包常用函式
返回值 gds gse gsm gpl。取決於geo引數。getgeo geo null,filename null,destdir tempdir gselimits null,gsematrix true,annotgpl false,getgpl true,parsecharacteristi...
genefilter包常用函式
功能 只留下檢驗統計量最大的探針，捨棄其他重複探針。返回值 包含探針名稱的list。findlargest gn,teststat,data hgu133plus2 引數 注釋gn 包含所有探針名稱的list。teststat 包含檢驗檢測統計量的list，長度和gn一致。data 晶元標識。功能 ...
Python強大的pandas包常用函式
import pandas as pd filepath01 r f data temp gd net loss data demo01.csv data01 pd.read csv filepath01 print data01.head 5 print data01.columns 返回全部列名...