genefilter包常用函式

功能：只留下檢驗統計量最大的探針，捨棄其他重複探針。

返回值：包含探針名稱的list。

findlargest(gn, teststat, data = "hgu133plus2")

注釋gn

包含所有探針名稱的list。

teststat

包含檢驗檢測統計量的list，長度和gn一致。

data

晶元標識。

功能：使用自定義的統計檢驗方法檢驗探針是否通過測試。

返回值：乙個包含邏輯值的list，長度和探針數目一致。通過測試的返回true，不通過的返回false。

genefilter(expr, flist)

注釋expr

表達矩陣。

flist

包含統計檢驗方法的list。

功能:判斷探針是否至少在k個樣本中超過a。

返回值：邏輯值。通過檢驗為true，不通過為false。

kovera(k, a=100, na.rm=true)

要超過的值。

k至少幾個樣本。

na.rm

是否移除na值。預設為true。

功能：除去低變異或低訊號的探針。

返回值：乙個包含篩選後的eset和filter.log的list。

|————–|

|eset|過濾後的expressiongset|

|filter.log|每一步過濾掉多少探針的記錄|

nsfilter(eset, require.entrez=true,

require.gobp=false, require.gocc=false,
require.gomf=false, require.cytoband=false,
remove.dupentrez=true, var.func=iqr,
var.cutoff=0.5, var.filter=true,
filterbyquantile=true, feature.exclude="^affx", ...)

注釋require.entrez

若為true，過濾掉沒有entrez id的探針。預設為true。

remove.dupentrez

若為true，當幾個探針對應統同一entrez id的時候，留下 var.func 值最大的探針，其餘過濾。預設為true。

var.func

用於過濾的統計引數。預設為iqr。

var.cutoff

截斷值。預設為0.5，即過濾掉50%的基因。

GEOquery包常用函式

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oligo包常用函式

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Python強大的pandas包常用函式

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