GEOquery包常用函式

2021-08-19 21:59:49 字數 886 閱讀 4954

返回值:gds/gse/gsm/gpl。取決於geo引數。

getgeo(geo = null, filename = null, destdir = tempdir(),

gselimits = null, gsematrix = true, annotgpl = false, getgpl = true,

parsecharacteristics = true)引數

注釋geo

filename

destir

gsematrix

getgpl

getgeosuppfiles(geo, makedirectory = true, basedir = getwd())

返回值:supplementary data。

引數注釋

geomakedirectory

basedir

功能:解壓縮gz格式的檔案。

返回值:從gz壓縮檔案中提取的檔案。

gunzip(filename, destname = gsub("[.]gz$", "", filename), overwrite = false,

remove = true, bfr.size = 1e+07)引數

注釋filename

需要解壓縮的檔名,可以為list。

destname

解壓縮之後的檔名。預設去除.gz$

overwrite

是否覆蓋重名檔案。預設為false

remove

解壓完是否刪除原檔案。預設為true。

citation("geoquery")
引用geoquery

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