今天我想要給champ寫乙個import程式，因為目前大部分dna methylation領域的研究軟體都是給予minfi程式提供的讀取idat檔案的程式，但是最近minfi似乎崩潰了，整個研究領域都快掛了……所以最好還是有自己的一條「**鏈」
首先，甲基化分析需要對應的注釋檔案，主流是epic和450k的，我先分析450k的manifest，首先原有的manifest包含了從beadchip到最終的檔案的對應號，但是有一部分資訊應該要提前過濾掉：一部分是開頭的header，另一部分是結尾的control probe
如果把header，control probe和snp全部刪掉，450k資料的行數正好就是：485512。這就是450k甲基化注釋的所有probe數量，每乙個probe對應乙個cpg位點。不是說人體的全基因組上只有這寫位點，而是說illumina公司決定只將這些位點涉及到晶元中完成測序。
值得注意的是，最後的control probe還是挺重要的，主要是用來評估測序質量，只是我目前沒有太多的涉及那些領域，有時間我還是應該認真了解一下。
上圖中有幾列是很重要的：開始寫import程式：addressa_id與addressb_id是對應的cpg id和晶元資料位點。
後邊的顏色是針對type-i probe的，監獄type-i probe是通過兩種顏色測量出來的資料。
infinium_design_type是用來指示type-i和type-ii probe的東西。
基本上就是需要上述的三列資訊，將晶元的顏色資料，轉換為可以分析的beta或者m資料。
首先需要做的是載入phenotype檔案，該檔案包含了每乙個樣本對應的晶元號，需要那個檔案，程式才能知道什麼樣本對應了那兩片晶元。
pd
if("sentrix_position" %in% colnames(pd))
else
if("sentrix_id" %in% colnames(pd))
else
讀取完畢以後，應該是這樣的。
idat檔案是illumina的測序儀直接輸出的檔案，不能用文字編輯器開啟的，所以只能用illumina公司提供的illuminaior包才能讀取，我也沒有辦法，其實**很簡單：
這樣，就把所有的綠色晶元和紅色晶元讀進來了，完成了這一步，整個dna methylation研究領域就完成了從血淋淋地細胞溼實驗，到純資料的幹實驗的轉換，這也是分子生物學和計算生物學結合的地方。
這兩個矩陣分別表徵著資料中，被甲基化和沒有被甲基化的比例，人體內的甲基化數值其實就是乙個比例，加入測序了100條序列，其上邊有乙個cpg位點，如果有90%都有被甲基化，10%沒有，那麼就是0.9（其實不是，具體計算公式更詳細一些，但是大致是這個）。m 矩陣就是表徵被甲基化的矩陣，而u矩陣就是表徵未被甲基化的矩陣。
非常重要的部分就是，cpg id與晶元位置是如何對應的，在研究以後，我才知道，這其中的對應關係極為複雜：
type_ii
type_i.red
type_i.grn
m.name
m.index
u.index
這一過程簡直混亂不堪……我不知道各種具體原因是什麼，但type-i和type-ii技術是illumina公司推出過的兩種技術，兩種技術居然交叉在一張晶元裡，實在是讓人匪夷所思！這一部分其實很簡單，公式就一行:
beta.value到目前位置，整個從illuminaidat檔案中提取beta資料的過程就完成了。當然還有很多任務作需要做，比如說，需要繼續寫程式讀取detect p value以及intensity等等。
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