-a——保留bowtie 報告所有有效的比對（服從比對策略：-v 2）.在這種情況下，bowtie在大腸桿菌基因組中發現5個不準確匹配;1個hit（列出的第二個）有1個配錯數，而其他4個hit有2個配錯數。四個在反向參考鏈上，乙個在正向鏈上。注意，它們沒有按照從最好到最差的順序列出。[注意：如果不加-a 則只顯示乙個結果（上面結果的第一列）]
-v——兩種模式之一（另一種模式是-n），在-v模式下，後面的數字表示最高配錯數v，其中v可以是從0到3的數字。不考慮高保真區也不保證鹼基質量。-v選項與-n選項互斥。通過改變v的值可以對比對結果造成影響，當v=3時，結果時所有錯配數<=3的比對資訊。
-c——輸入項：-c 後面的是直接輸入的要比對序列，-f後面的是fasta檔案（副檔名是.fa/.fna/.mfa），-q後面的是fastq檔案（副檔名是.fq/.fastq），[注意：此項預設是-q，所以如果不填，則後面的檔案要是fastq檔案，否則報錯]
-k——顯示的結果數，當-k設定為3時，結果只顯示3個，（由上面的例子中我們知道總共有5個結果）[注意：當-k的值設定的大於總共的值時（如-k為6），只顯示全部（即5個），同樣不加-k選項，則結果只顯示一條，相當於-k=1]
--best——保證在報告檔案中，結果按照匹配質量有高到低排列。此處指錯配數最少。
--strata——與-best連用，使結果只輸出匹配質量最高的那一部分。
-m——限制輸出，當比對結果數大於m時，不報告，當結果數小於或等於m時，報告。[注意：m選項是最後判斷的。]
生物資訊學軟體 自學生物資訊學
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