使用bioconda配置自己的生物資訊學環境

最近進入到乙個新的實驗室了，因為之前學習過一點點生信基礎，所以老師讓我嘗試著做一點分析方面的工作，實驗室是新組建的，雖然也有伺服器集群，但是基本上個裸機，目前只有我這個沙雕在乙個人瞎搞。不過硬著頭皮也要上啊，所以就參考著jimmy師兄之前的帖子，自己在慢慢地摸索，真是發自內心的覺得，乙個完善的生物資訊學環境時多麼重要。

生信軟體一般都可以手動安裝，但因為軟體有基於不同的語言開發的，所以安裝方法也各有所異，經常會安軟體安到讓人崩潰，現在好了，有了conda，只需要簡單的安裝命令就可以輕鬆搞定。

簡單介紹一下conda，它是乙個開源的軟體包管理系統和環境管理系統，用conda安裝軟體時，也可以順帶安裝依賴關係，bioconda是專門針對生物資訊的。

下面是jimmy師兄關於如何使用bioconda配置生物資訊學環境的筆記：

如果有了新的機器，那麼要給新的機器安裝好常見的生物資訊學軟體才能開始做資料分析，這個時候的自動化配置就可以用bioconda來解決。

定位需求

首先需要在查詢所需軟體名，搞清楚自己需要安裝哪些生物資訊學軟體並且哪些可以安裝，安裝哪個版本。(截止2023年09月28日已經有了近5000個軟體包，幾乎可以囊括常見的生物資訊學軟體)

配置檔案

然後根據需求，製作yaml格式的配置檔案，如下：

# version 1.0
# email: [email protected]
name: jimmy
channels:
- - 
- - defaults
dependencies:
- bcftools=1.3=0
- bedtools=2.19.1=0
- blat=35=1
- bowtie=1.2.1.1=py27pl5.22.0_0
- bowtie2=2.3.2=py27pl5.22.0_1
- bwa=0.7.15=1
- hisat2=2.1.0=py27pl5.22.0_0
- htslib=1.3=1
# workflow
- nextflow
# fastq download and quality control methods
- sra-tools
- fastx_toolkit
- fastqc
- trimmomatic
- multiqc

自動化安裝軟體

這裡選擇conda來根據上面的配置檔案，自動化安裝好所有的軟體

#!/bin/bash
set -e
set -u
set -o pipefail
env=$1
# download miniconda and install
url= -m).sh
prefix=$home/miniconda3
if [ ! -d $prefix ]
then
wget -4 $url && bash $(basename $url) -b -p $prefix && \
echo "successful installation" && \
echo "export path=$prefix/bin:"'$path' >> ~/.bashrc
fiif [ ! -f biosetup.yml ]
then
echo "please prepare the file : biosetup.yml"
fiif [ $env ]
then
$home/miniconda3/bin/conda env create  -f=biosetup.yml -p $env
else
echo "software install path is unset"
exit 0
fi

上面的指令碼可以指定軟體的安裝位置！

conda的其它用法

更改python版本

conda info --envs conda create -n py27 python=2.7 anaconda #conda create -n py36 python=3.6 anaconda source activate py27 source deactivate py27 conda env remove -n py27 python --version

which python

說明一下的是，conda安裝軟體有時候也會出現報錯的問題，參考 anaconda is a snake. ，所以最好針對每個小任務建立小環境。

生信技能樹論壇

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