CDISC SDTM MB domain學習筆記

2021-07-17 02:58:16 字數 1703 閱讀 6623



【整理翻譯自 sdtm ig 3.2: www.cdisc.org/sdtm, 以下涉及來自section 6.3】

mb(microbiology specimen)微生物樣本採集測量,包括革蘭氏染色劑結果,有機物發現

mbtestcd/mbtest

mbcat/mbscat

mborres/mborresu

mbstresc/mbstresn/mbstresu

mbrescat(result category): 用標準格式對結果分類. 如對於organism的發現: infecting, colonizer, contaminant, normal flora

mbstat/mbreasnd

mbnam(vendor name)

mbloinc(loinc code)

mbspec(specimen type): sputum, blood, pus

mbspec***(specimen condition): contaminated

mbloc(specimen collection location): lung, vein, arm, foot

mbmethod(method of test or examination) gram stain, macro broth, dilution, agar dilution

mbblfl

mbdrvfl

visitnum/visit/visitdy

mbdtc/mbdy

mbtpt/mbtptnum

mbeltm/mbtptref/mbrftdtc

note:

1. mb儲存微生物發現, 如organisms found, gram stain results, organism growth status

2. mbspid用來唯一確定一種有機物. 當同一種微生物在乙個新的樣本中鑑定時保持不變, 則mbspid可以保持不變. 通常用original line number來記錄微生物的第一次出現, 並且當在其他樣本總發現該微生物時,可以使用同一number. 如對於微生物"staphylococcus aureus" mbspid在visit10時為01, 對於同一微生物在visit 30時, mbspid仍為01

3. 對於樣本中的微生物,mbtestcd=organism

4. mbdtc記錄微生物在培養中開始增長的時間, 或者微生物開始成陽性的時間

5. mbgrpid用來連線ms域中的相關記錄. 如在樣本1中, 微生物streptococcus pneumoniae被發現並用mbgrpid=1標記, 還有其他被發現的微生物, 如susceptibility tests, colony count等. 對於樣本1中的微生物, 所有都有同乙個值msgrpis=1. 用grpid關聯ms和mb使得relrec得到了簡化,因為只需要兩個記錄來描述mb與多個ms的記錄關聯. 應用這個方法, 就沒有必要在subject level建立更詳細的關聯規則

6. 對於微生物需要區分colonizing organisms和causing the infection時,需要用到mbrescat. 不希望有"no growth" 或者結果來自於gram stain的情況

7. the following qualifiers would not generally be used in mb: --modify, --bodsys, --fast, --tox, --toxgr --sev.

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