目錄2. 其他有用操作
上篇hic掛載軟體以及如何用juice_box手工糾錯？我吐槽了juicebox操作麻煩，且沒有詳細文件。今天在3d-dna流程3d de novo assembly (3d-dna) pipeline中，終於找到juicebox的官方文件了：
第1-4章主要說明3d-dna流程，第5章介紹了juicebox，文中說得比較詳細。
關於糾錯的操作，主要有以下幾類：
轉折符號即可，比昨天記錄的操作要簡單多了。當基因組要求準確性比覆蓋度需求更高時，將邊角料debris移到組裝最末端，尤其對於稀疏熱圖或模糊訊號。
如下圖：
另外，除了上次提到的0-2.hic和0-2.assembly，如果一開始要追求乙個好的染色體邊界，可用rawchrom.assembly和rawchrom.hc試試。
基因組組裝結果質量評估
參考 乾貨 基因組組裝你了解多少？諾禾致源 動植物基因組de novo工作，其組裝指標的好壞直接影響著整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果，contign50和scaffoldn50是第一指標，即contig scaffoldn50 將contig scaffold長度從長到短進行排序並累加，當累...
動植物基因組組裝要點小結
目錄二代測序平台如illumina bgi，穩定可靠，資料質量高，成本低，讀長短。三代測序平台如pacbio nanopore，超長讀長 無pcr擴增，錯誤率高，成本高。現在物種的簡單基因組基本已完成大多，純二代組裝已經沒什麼意義，複雜基因組或者高質量基因組基本都是三代測序為主。由於經費限制，現在多...
使用Canu對三代測序進行基因組組裝
canu是celera的繼任者，能用於組裝pacbio和nanopore兩家公司得到的測序結果。canu分為三個步驟，糾錯，修整和組裝，每一步都差不多是如下幾個步驟 這三步可以分開執行，既可以用canu糾錯後結果作為其他組裝軟體的輸入，也可以將其他軟體的糾錯結果作為canu的輸入，因此下面分別執行這...