目錄二代測序平台如illumina、bgi，穩定可靠，資料質量高，成本低，讀長短。
三代測序平台如pacbio、nanopore，超長讀長、無pcr擴增，錯誤率高，成本高。
現在物種的簡單基因組基本已完成大多，純二代組裝已經沒什麼意義，複雜基因組或者高質量基因組基本都是三代測序為主。
由於經費限制，現在多為「」二代+三代「」以下兩種組合策略：
目前第一種策略為主流。
輔助組裝解決的關鍵問題：contig/scaffold的順序和朝向。
隨著三代的準確性提高和成本降低，未來基因組組裝的標配：
pacbio純三代組裝contig + 光學圖譜進行糾錯與super scaffold組裝 + 遺傳圖譜或hic進行染色體組裝。
三代+光學+hi-c策略示意圖：
測序深度？
自然越深越好，經費不足，可能20~50x，充足70 ~100x。
二代測序的深度最好能達100x，而且一般要結合不同大小片段文庫（pe和mate）。
解析illumina+pacbio組裝策略10x genomics vs. pacbio
soapdenovo組裝軟體使用記錄
hifi reads基因組組裝：快、準、狠
pacbio三代基因組組裝簡介
基因組組裝結果質量評估
參考 乾貨 基因組組裝你了解多少？諾禾致源 動植物基因組de novo工作，其組裝指標的好壞直接影響著整個基因組的質量。而評估基因組組裝結果，contign50和scaffoldn50是第一指標，即contig scaffoldn50 將contig scaffold長度從長到短進行排序並累加，當累...
基因組組裝 HiC掛載Juicebox糾錯補充
目錄2.其他有用操作 上篇hic掛載軟體以及如何用juice box手工糾錯？我吐槽了juicebox操作麻煩，且沒有詳細文件。今天在3d dna流程3d de novo assembly 3d dna pipeline中，終於找到juicebox的官方文件了 第1 4章主要說明3d dna流程，第...
使用Canu對三代測序進行基因組組裝
canu是celera的繼任者，能用於組裝pacbio和nanopore兩家公司得到的測序結果。canu分為三個步驟，糾錯，修整和組裝，每一步都差不多是如下幾個步驟 這三步可以分開執行，既可以用canu糾錯後結果作為其他組裝軟體的輸入，也可以將其他軟體的糾錯結果作為canu的輸入，因此下面分別執行這...