參考教材：《分子動力學的理論與實踐》陳正隆
term: molecular mechanics分子力學; molecular dynamics 分子動力學
【勢能面】單個分子或者極少的多分子的能量與結構的計算核心是勢能面（pes）。勢能面的實質是體系能量對各個自由度的高維向量/函式。勢能面上的區域性極小點表示區域性的穩定構象；鞍點表示過渡態。
【自由度】主要的自由度有分子內鍵長（鍵伸縮）、鍵角（鍵彎曲）、二面角（鍵扭曲）、離開平面距離（鍵扭曲）；分子間范德華效應、靜電效應、其他非鍵效應（即原子團之間的總體效應）等，以及交叉影響的效應。
【力場】每種自由度對能量的影響以函式的形式寫出即為力場。力場的函式中有包含引數，函式包以及引數包合起來成為一種力場，如amber，mm2，mm3，cvff等。
分子動力學模擬常用的軟體：material studio、charmm等。
力場引數化的原理：將原子視為質點或實心球，利用hooke定律、coulomb定律以及taylor展開等找到能量與原子座標的關係。由於不同原子對的引數不同、同一原子不同成鍵形式不同，對應的引數都不相同，引數化的範圍有限，不可能對所有原子所有情況都可以得到引數（無窮多），不同力場針對著不同體系，例如amber適用於有機分子，uff適用於覆蓋全週期表的原子。
效率與精確度：分子力學由於引數化，計算簡單，計算速度非常快。在有些情況，分子力學模擬的結果甚至比從頭演算法結果更加精確（因為是擬合的結果，對原理的解釋比較粗糙）。但是很多情況，由於力場引數的缺失或者體系的複雜，計算結果可能偏差較大。另外，由於無法從原理上驗證實驗資料，分子力學的結果在某些研究中沒有說服力。
【蒙特卡羅方法】monte carlo method 利用隨機搜尋（以及加權隨機搜尋）尋找穩定構象的方法。
//由於我的學習重點並非分子模擬而是電子結構，現在我不會將這部分內容作為學習的重點，不會再分子模擬及分子動力學上花費太多的時間。本文的目的是讓我了解這一重要內容，並且在以後用得著分子力學及動力學模擬的時候能夠有乙個大致的印象。如果有必要，以後會接著學習。
分子動力學模擬 VMD多分子處理及指令碼（2）
file new molecule browse name.pdb load 將工作目錄指定到正確的路徑 cd 目錄執行模擬 mol new name.pdb和匯入晶體結構資訊一樣，但是檔案字尾為psf 在main視窗選中psf 然後右鍵，選擇load data to the molecule 出現...
《人月神話》初步印象
這兩天閱讀了 人月神話 的前面幾章，又大致瀏覽了一下全書。總體的感覺是，作者以經驗著就的這本書應該是比較權威的，不過比較適合大型的專案。最後期限 可能更適合中小型的。還可對照一下xp方法。應該開始系統的學習軟體工程和專案管理的知識了，以前的經驗即將會面臨不足的危險。暫時不再看本書。計畫3月底購買這三...
Gromacs分子動力學模擬流程概述
gromacs分子動力學模擬主要可以分為以下幾個步驟，不同的體系步驟可能略有不同。在開始之前，先簡單了解一下預平衡 分子動力學模擬的最終目的是對體系進行抽樣，然後計算體系的能量，各種化學鍵，成分分析等等。打個比方說，我們有乙個蛋白質，我們想將它放入一種溶液中 可能是水，也可能不是 然後看看這個體系的...