cell ranger是10x genomics公司提供的，專門用於分析10x單細胞轉錄組資料的ppipline,包括原始資料的拆分，構建索引，表達定量，合併資料，聚類分類等多個功能。
構建索引
定量
cellranger count --id=sample \
barcodes.tsv.gz -----包含細胞的id
features.tsv.gz ------和基因相關的注釋
matrix.mtx.gz--------某個細胞裡基因的乙個值（我猜應該是豐度）
幫助我們從剛剛資料可以得到一些細胞的分群，找一些mark（可用標記點吧意思應該是）
dplyr patchwork
設定工作目錄將資料匯入r中
1.安裝和載入軟體包
#install.packages(『seurat』)
library(seurat)#
#warning: package 『seurat』 was built under r version 3.6.3## registered s3 method overwritten by 『spatstat』:
Hemberg lab單細胞轉錄組資料分析（二）
開發scrna seq的新實驗方法和操作手冊是目前很火的研究領域，而且最近這些年已經發表了一些改進方法。上圖可以看出檢測的細胞數目以指數形式增加，以下是乙份不完全的列表 總體流程如下圖所示 這些方法可以用不同的方式分類，但兩個最主要的優化是 定量和捕獲。定量有兩種型別 全長型和標籤型 tag bas...
大型單細胞資料分析解決方案
因為單細胞資料在呈指數增長，遇到大資料集只是早晚的問題。曾經我們困惑乙個物種的基因組那麼大，如果給很多物種都測基因組的話，拿什麼來儲存這些資料？隨著單細胞技術的成熟，測序成本的下降，眼見單細胞資料通量將會呈現超指數增長。在bulk時代所幾十例轉錄組會覺得已經做了很多了，而單細胞時代少則幾千大則百萬的...
單細胞轉錄組測序技術及各類資料分析方法總結
自從2009年單細胞轉錄組測序 single cell rna seq，scrna seq 技術首次問世，至今已經有幾十種不同的scrna seq技術相繼被開發出來。在過去的十年裡，單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展，從而使得可在單細胞水平揭示全基因組範圍內所有基因的表達情況，可以更精準的開展細胞...