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各種細胞重程式設計技術比較
ips：細胞重程式設計技術巧妙繞開了胚胎幹細胞「為救人而殺人」的倫理困境，被認為具有廣闊的醫療應用前景。用ips細胞可以獲得各種身體組織——更妙的是，這些細胞都可以是患者本人的，不需要考慮來自其他人的細胞或者器官所帶來的可能致命的作用了。然而， ips細胞被證明帶有自身的表觀遺傳印記和端粒異常，與胚胎幹細胞相比ips細胞中數百個基因存在異常表達，具有致畸胎瘤性，並保留著對起始細胞「記憶」，隨後的研究表明甚至自體ips分化細胞也會引起免疫排斥。ips誘導效率低下，體外操作過程複雜漫長，對細胞的遺傳穩定性、表觀遺傳特性和生物學特性構成了極大的不確定，細胞衰退或惡變的機會大大增加。
直接轉分化：相對於ips，直接轉分化技術降低了體外操作的複雜性，相當程度上規避了倒退回多潛能狀態所需要的步驟帶來的風險，如成瘤性。不過，直接轉分化技術不是乙個具有普適性的平台，只能特定譜系細胞間進行轉換，且效率低下；成熟細胞擴增能力有限，難以獲得足夠臨床所需的細胞數量，影響了這項技術的臨床應用價值。
間接譜系轉換：與ips和直接轉分化不同，間接譜系轉換是用部分重程式設計技術將成熟細胞短推回至一種可塑性的中間狀態，隨後再進行分化。研究人員利用這種方法，成功將人成纖維細胞轉變為中胚層祖細胞，可分化生成內皮細胞及平滑肌細胞。
相對於ips細胞技術，間接譜系轉換縮短或繞過重程式設計至多能性的完整過程，提供了一種簡單高效技術，體外過程從原來的將近兩個月縮短至兩個星期，並且減少突變發生和畸胎瘤出現的風險。相對於直接轉分化技術，間接譜系轉換提供了一種更通用的平台策略，可以更快地生成具有跨譜系分化能力的幹細胞，幹細胞可以體外規模化擴增，從而在種類和數量上可望滿足未來臨床應用所需。
總之，無論是直接轉分化還是間接譜系轉換，它們仍只是細胞重程式設計技術的「變種」，面臨許多共同有的問題，如：細胞形態功能完整性、表觀遺傳變異程度、基因完整性、端粒和端粒酶、**細胞記憶、免疫源性、臨床標準細胞的篩選等，所有的重程式設計技術都要接受這些實用標準的統一檢驗，也將最終決定其臨床應用價值。
科學探索無禁區，但應用技術與科學的目標路徑和價值取向有很大不同。幹細胞技術在被應用於臨床之前除了要解決數量、有效性、倫理問題外，還必須滿足質量可控性和安全性方面的需要，並通過必要的技術與經濟可行性評估。目前從這個角度來看，相對於重程式設計技術，圍產期組織、骨髓及脂肪等**的成體幹細胞更具接近臨床實際應用條件。此外，從成體組織中獲得的具有三胚層多譜系分化能力的天然「亞全能幹細胞」或許也將對方興未艾的細胞重程式設計技術構成挑戰。
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