bam檔案的理解
$ less -sn in.sam # 開啟sam檔案
$ samtools view -h in.bam # 開啟bam檔案
接下來我們重點看看每一列在我們的分析中起到的作用。
- reads name: 每一條reads的查詢名稱，**於fastq檔案；
- flag：flag是比對質量的重要資訊，不同的值代表比對結果的型別。flag是比對結果質量的乙個直觀表述。該值是乙個10進製的結果，根據**可轉換成二進位制對應的質量描述，用來對資料進行過濾。比如說過濾掉未比對到參考基因組的reads（flag=4），過濾掉二次比對的reads(flag=256)，過濾掉嵌合reads（flag=2048），使用samtools過濾的方法為：
samtools view -h -q 20 -f 4 -f 256 -f 2048 -sb sample.bam > sample.filter.bam
比如十進位制資料77 = 000001001101 = 1 + 4 + 8 +64，這樣就得到了這個flag包含的意思：pe read，read比對不上參考序列，它的配對read也同樣比不上參考序列，它是read1。
二進位制的質量描述見下表：
$ samtools tview --reference hg38.fa in.bam
在該模式下，按下鍵盤『g』後，會跳出乙個goto框，在裡面輸入想要調整過去的位置，就行了，比如：
bam檔案讀取 bam格式檔案處理大全 一）
sam檔案是短序列比對生成的檔案，是二代測序中最核心的檔案。在rnaseq，變異檢測等分析中，都需要首先生成sam檔案格式。bam檔案是sam格式的二進位制格式，轉換為二進位制之後，可以減小檔案的儲存。掌握sam bam檔案的操作是處理二代測序資料的非常重要的內容，例如sam與bam的轉換，排序，建...
Pysam 處理bam檔案
pysam可用來處理bam檔案 安裝 用 pip 或者 conda即可 使用 pysam的函式有很多，主要的讀取函式有 一般常用的是第乙個和第二個。例子 1 import pysam 23 bf pysam.alignmentfile in.bam rb 其中r read，b binary.二進位制...
bam檔案格式說明
1.序列是一對序列中的乙個 2.比對結果是乙個pair end比對的末端 4.沒有找到位點 8.這個序列是pair中的乙個但是沒有找到位點 16.在這個比對上的位點，序列與參考序列反向互補 32.這個序列在pair end中的的mate序列與參考序列反響互補 64.序列是 mate 1 128.序列...