修改 bam 檔案中染色體名

問題描述

在分析的過程中，有些資料的染色體命名為「chr1、chr2、…、chrx、chry」，而有些資料的染色體命名則為「1、2、…、x、y」 （也就是不包含 chr 字元）。這裡，通過**對 bam 檔案作為修改，實現染色體名的統一。

**實現

假設我們有乙個名為test.bam的檔案，其中染色體名不包含chr字元，需要在染色體名前加上chr字元。

samtools view -h test.bam |

sed -e 's/sn:\([0-9xy]\)/sn:chr\1/' -e 's/sn:mt/sn:chrm/'
| samtools reheader - test.bam > test.chr.bam

因為會經常碰到這樣的情況，因此就將上面的這段**封裝到乙個名為bam_add_chr.sh的指令碼，放在bin目錄下面，方便呼叫。

#! /usr/bin/bash

samtools view -h $1
|sed -e 's/sn:\([0-9xy]\)/sn:chr\1/' -e 's/sn:mt/sn:chrm/'
| samtools reheader - $1
>
$2echo
"finished!"

bam_add_chr.sh test.bam test.chr.bam

可以通過 python 的 pysam 模組進行修改，但計算速度相對更低。

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