bam檔案中提取比對到某個位點的reads

2021-09-27 10:45:09 字數 530 閱讀 9035

使用i**檢視bam檔案的時候,發現i**有時候並不能顯示所有的reads(因為chr13:32907421,顯示有ins,但是沒有找到這個ins,懷疑i**沒有顯示所有reads)

所以想要檢視比對這個位點的所有reads,然後再看這個位點ins資訊。

方法一:

samtools view -h samplename_t.realn.bam  "chr13:32907420-32907421"  > chr13_32907421.sam
然後逐步篩選這個檔案裡的序列,但是有點浪費時間了。

方法二 :

samtools  tview samplename_t.realn.bam -p "chr13:32907420-32907421"   -d t  > chr13_32907421.text
直接檢視,只有reads序列,沒有reads name。

將找到ins 的這些 reads name 去i**裡檢視,確實沒有相關reads,也是很奇怪了,以後找個時間研究一下 i**的設定再看看。

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