oplsaa力場引數是分子動力學中廣泛應用的力場。但有些同學對力場中的引數含義不是很了解。下面就oplsaa力場引數如何應用於lammps做乙個簡單的介紹。
第二部分主要是原子型別的定義，第二列是原子編號，第五列是對該原子的乙個歸類，第三四列分別是原子型別編號和原子型別的簡稱，第六列是該原子的元素週期表編號，第七列是相對原子質量，第八列這裡我認為是該原子成鍵的數目（如果有異議可以聯絡我改正）。這裡最重要的第二列原子編號和第三列原子型別編號，後面所有鍵長鍵角二面角的引數都是根據他們來確定的。
第三部分是范德華引數，第二列是原子編號，第三列第四列分別是lammps中pair_coeff的sigma和epsilon，這裡的單位分別是å和kcal/mol。這裡需要注意單位的轉換，如果文獻中sigma和epsilon對應的單位是å和kj/mol，那麼[kj/mol]=[kcal/mol]/4.1868。
第四部分是鍵長引數，第二三列分別是相互作用的兩個原子型別編號，第四五列是bond_coeff的k和r，表中的單位分別是kcal/mol/å2和å。直接用這個列表中的力場引數時，只要單位對應，可直接呼叫。但參考部分文獻資料時，部分文獻會用 ebond=0.5k(r-r0)2，這裡需要注意，lammps中的係數已經包含在k中，所以計算時，k=1/2k。
第五部分是鍵角引數，第二三四列分別是相互作用的三個原子型別編號，其中角對應的原子在中間，邊上的兩個角按照序號從小到大排列。第五六列是angle_coeff的k和theta，表中的單位分別是kcal/mol/rad2和°，計算時注意文獻中的單位是否與之一致。eangle=0.5k(theta-theta_0)2，這裡需要注意，lammps中的係數已經包含在k中，所以計算時，k=1/2k。
第五部分是二面角引數，第二三四五列分別是相互作用的四個原子型別編號，按照中間兩個原子型別從小到大排列，如果中間兩個原子型別編號一樣，兩邊原子型別編號從小到大排列。第六，九，十二列分別是是dihedral_coeff的k1,k2,k3，表中的單位是kcal/mol，k4統一取0（具體原因有同學知道的告知我），其餘列暫時不清楚其含義，不過對計算沒有影響。計算時注意lammps的1/2係數不包含在k中計算時需要乘以該係數，lammps的扭矩係數如下：
下面電荷是按照原子編號得到的，可自行對照
shell中if 各引數含義
shell中條件判斷if中的 z到 d的意思 2011 09 05 10 30 a file 如果 file 存在則為真。b file 如果 file 存在且是乙個塊特殊檔案則為真。c file 如果 file 存在且是乙個字特殊檔案則為真。d file 如果 file 存在且是乙個目錄則為真。e ...
cookie中各引數含義
xname 該cookie的名稱。一旦建立，該名稱便不可更改。value 該cookie的值。如果值為unicode字元，需要為字元編碼。如果值為二進位制資料，則需要使用base64編碼。domain 可以訪問該cookie的網域名稱。例如，如果設定為.zhihu.com，則所有以zhihu.com...
cookie中各引數含義
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