寡核苷酸序列(oligo)合成已廣泛應用於生物研究的各個方面,比如二代測序,pcr及基因編輯等。適當的儲存條件以保持oligo的穩定是確保後續實驗結果可靠的重要前提。idt自2023年便開始了oligo的合成業務和對oligo穩定性的研究。整體來講,oligo的儲存受溫度,儲存形式,凍融次數和oligo修飾等多種因素的影響,我們整理了關於 oligo 儲存的6點小建議,希望給大家提供參考。
1. 儲存溫度是「第一要素」
談到oligo儲存,溫度和儲存形式是常規因素,溫度尤為重要。-20℃條件下,無論是乾粉,還是溶解在te緩衝液(te buffer)或無核酸酶水(nuclease free water)中,oligo均可穩定儲存長達2年。
綜上,對於儲存oligo的儲存溫度,-20℃冷凍儲存是長期儲存oligo的最佳選擇。
2. 「和誰在一起」決定了oligo「能走多遠」
idt研究發現,隨著溫度的公升高,不同儲存形式對oligo穩定性的影響開始凸顯。
idt測試了「最差運輸條件」(37°c),結果顯示不同儲存形式對oligo穩定性的影響存在明顯差異。其中,溶於無核酸酶水中的oligo穩定性最差(約6周),乾粉形式略優(約42周),溶於te buffer中的oligo穩定性最佳(約150周)。
基於以上資料,idt推薦將oligo溶解於te buffer中長期儲存。te buffer(即idt生產的idte),含有的tris-hcl緩衝液可維持溶液在一定ph值範圍內;含有的edta作為螯合劑可阻止核酸酶對oligo的降解。客戶可從idt購買不同ph值(ph 7.5或ph 8.0)的idte。
3. 乾粉oligo並沒你想的那麼「幹」
乾粉形式的oligo通常殘留痕量的水分,隨著時間的推移會導致dna損傷。上文表明,如果選擇室溫儲存,最好將oligo溶解在idte裡,會比乾粉狀態更為穩定。
注意:短期運輸不會影響乾粉形式oligo的穩定性,如前文所述,在「最差的運輸條件」下,乾粉形式oligo仍可在37℃下穩定儲存40周以上。
4. 「分開」始終是最好的選擇
現實情況下,研究人員經常會對oligo進行反覆凍融。idt對反覆凍融後的oligo穩定性進行了測試。方法如下:將idt primetime® qpcr assay(包含引物和qpcr 探針)以40 x 儲存液的濃度溶解在idte buffer中,反覆凍融30次並以驗證過的通用人類參考cdna做標準曲線(0.005-50 ng)。 實驗結果表明,oligo組分在反覆凍融30次後,對cq值沒有影響;圖5表明,在經過rox均一化校準的0.5ng cdna的濃度下,oligo組分凍融多達30次時,對cq值無影響,且測試執行正常。
儘管凍融對oligo的穩定性影響較小,idt仍建議客戶對oligo進行梯度稀釋,分裝儲存,減少汙染的可能性。分裝始終是長期儲存的最好策略。
5. 「修飾」與「未修飾」一視同仁
雖然idt尚未對商品目錄下所有修飾形式的oligo進行儲存條件的測試,但idt現有的資料表明,修飾和未修飾的oligo表現出相似的穩定性,**大多數修飾不會對oligo的穩定性造成影響。冷凍依然是修飾oligo的最佳儲存條件,高於冷凍溫度時,idte可幫助維持其穩定性。
短期暴露於紫外線、可見光或者臭氧中,不會對帶螢光修飾的oligo產生影響,所以idt會以透明的離心管儲存運輸這類oligo。然而當對這些oligo長時間儲存時,idt建議無論何種儲存形式、溫度都應避光儲存。
再比如,ngser 經常用到的5』生物素修飾的探針(xgen® lockdown probes)和捕獲實驗中的封阻序列(xgen® universal blockers-ts mix,catalog no. 1075474 )本質都是帶修飾的oligo。如果在-20℃、te buffer溶解、避免反覆凍融的情況下,可穩定儲存3年以上。
6. 脆弱的rna oligo,需要小心呵護
rna oligo的化學結構使其穩定性低於dna oligo,rna酶則讓rna的儲存條件更加苛刻。rna酶無處不在:人類的唾液、粘液、汗液、死皮或毛細胞中都有rna酶的蹤影,常規實驗室中的rna酶遠比dna酶常見。避免rna酶的汙染是維持rna oligo穩定性的「重中之重」,微量的rna酶即可造成rna oligo的大量降解。
idt建議使用idte來短期儲存rna。若想對rna oligo長時間儲存(數月以上),則需在-80℃條件下以沉澱的形式儲存在乙醇中。
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