1、 儀器的檢測通量
在購買定量pcr儀的時候要根據實驗實的需要來選擇不同通量的儀器。目前市面上的螢光定量pcr的檢測通量小到16個多到384個。如果進行一般的基因表達研究或病原體檢測，實在不必購買昂貴的儀器，96孔的通量足夠用；需要尋找要新藥靶點和疾病標記的實驗室可以考慮購買384孔板的儀器。假如經費有限無法購買384孔板儀器的實驗室，可以考慮購買執行速度快（帶有fast模組）的96孔板螢光定量pcr儀。
2、 硬體設計特點
螢光定量pcr儀主要有傳統的96孔板式、創新的離心式等，每種設計都有它的獨到之處但也都有無法避免的缺憾。
傳統的96孔板的螢光定量pcr可以容納的樣本量大，而且無需特殊的耗材。有些傳統的96孔板的儀器採用滷鎢燈激發、ccd檢測，這些光學結構在96孔板的頂部，每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應，對結果產生影響。為了保證精確、準確的實驗結果，這類儀器在實驗過程中通常會使用rox（一種螢光染料）或專用的reference dye作為參照校正實驗結果。滷鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經成為很多使用者頭痛的問題。在實驗過程中滷鎢燈作為一種熱光源，產生較多熱能對實驗結果有一定的影響。ccd最大的優點就是可以同時掃瞄所有樣品中的螢光訊號，但是靈敏度較低，而且同時檢測樣品間的螢光訊號存在干擾。像abi、bio-rad 公司生產的螢光定量pcr就屬於這一種。但bio-rad的iq系列螢光定量pcr帶有梯度功能。
創新的離心式的儀器通常選用led激發、pmt檢測，離心式的設計上避免了邊緣效應。led光源是冷光源對實驗沒有影響，因此無需採用其他螢光染料校正儀器，而且使用壽命長無需經常更換。pmt每次只能收集單個螢光訊號，但是檢測靈敏度高。但這類儀器執行速度非常快，但也存在樣本量小、耗材昂貴、沒有梯度功能、存在時間積分等缺點。corbett 的rotor-gene系列和roche 的lightcycler系列均為這一類儀器。
隨著螢光定量pcr技術的使用，聰明的儀器生產商紛紛在傳統的96孔板儀器上大作改進。首先是stratagene的mx3000p在檢測上突破了使用ccd改用pmt檢測螢光訊號，大大提高了實驗的靈敏度，但激發光源仍然沿用傳統的滷鎢燈並且沒有梯度功能。eppendorf 公司推出的mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的螢光定量pcr儀，使用了96個led為激發光源，採用先進的cpm（第二代pmt）及96合一光纖為檢測系統，不但避免了邊緣效應還保證所有樣品間的螢光訊號沒有干擾。
3、 執行速度
大規模繁忙的實驗室裝置固然讓人羨慕，但是常規實驗室同樣可以有精彩的選擇。現在的儀器**商擁有眾多技術專家，有的還能提供整個分子生物學的基礎研究平台，不但了解、滿足您現在的需求，而且還考慮到了你可能變化的需求——公升級和更換模組。bio-rad的mycycler就可以選擇模組公升級為定量pcr儀。abi的7900可以選擇將96孔槽變為384孔槽。像離心式的雙通道的rotor-gene3000a 就可以根據您研究的需要公升級成四通道的螢光定量pcr儀。eppendorf公司在這方面考慮的就更加周全，如實驗室已經擁有mastercycler ep可以按照您的要求公升級為mastercycler ep realplex螢光定量pcr儀，而且可公升級的型號有4種：2通道銀質、鋁製模組和4通道銀質、鋁製模組。您可以根據自己的經費和實驗需要購買、公升級任何一款mastercycler ep realplex螢光定量pcr儀。
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