cellphonedb 及其視覺化

2021-10-11 21:38:33 字數 243 閱讀 6314

在單細胞資料分析過程中,上游的拆庫定量,中游的分群注釋,目前的門檻是很低的了。但是解析細胞型別異質性不應止於這些,還可以看細胞群之間的通訊。當然,這方面我們介紹過cellchat:細胞間相互作用分析利器。cellchat是以訊號通路為單位來計算細胞間交流狀態的,很多同學用cellphonedb來做基於配受體對的細胞間交流。今天,我們就來用經典的pbmc3k資料跑一下cellphonedb,並嘗試視覺化。

先放一張想象圖:

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