R語言相關

最近在看資料探勘(生物醫學)的**，其中用到了r

source

source(
'analysis.r'
)#執行analysis.r檔案

mecars$ls

取出mecars資料中ls這一列

c的作用

x<
- c(1,
2,3)
在r語言中  賦矩陣給x時需要 在矩陣前面加c

grep()搜尋函式，搜尋a中第一列存在』rna-seq』的列出來

grepl()搜尋函式，搜尋a中第一行存在』rna-seq』的列出來

grep(
'rna-seq'
,a$assay_type)
grepl(
'rna-seq'
,a$assay_type)

(b,

1,function(x)

)其中1代表行，2代表列。這裡1代表對行進行迴圈操作，x代表對每行進行迴圈，類似於i。mean(

)表示平均值，b是資料矩陣

sort() 從小到大排

sort(
(b,1
,sd)
,decreasing = t)[1
:50]decreasing 表示取最大
b是資料矩陣

createseuratobject

createseuratobject(counts =data,project =
"seurat"
,min
.cells =3,
min.features =
50,name.delim =
"_")
min.cells表示 在所有聚類中表達次數少於3的基因去除，
min.features表示 在每個細胞中表達基因少於50個的樣本 要去除

載入需要的程輯包：genomeinfodb
error: package or namespace load failed for 『genomeinfodb』 in loadnamespace(i, c(lib.loc,
.libpaths())
, versioncheck = vi[
[i]]):
不存在叫『genomeinfodbdata』這個名字的程輯包
報錯source(
最後用這個方法解決：
if(!requirenamespace(
"biocmanager"
, quietly = true)
)    install.packages(
"biocmanager") 
biocmanager:
:install(
"genomeinfodb"
)

r語言內建資料庫

> a<
-matrix(1:
12,c(3,
4))> a
[,1][,2
][,3
][,4
][1,
]147
10[2,
]258
11[3,
]369
12>
(a,1
,sum)[
1]2226
30>
(a,2
,sum)[
1]615
2433
>
(a,1
,function(x)
sum(x)+2
)[1]
2428
32