OpenSilde安裝與入門

openslide是處理醫學影象經常用到的乙個包，因為wsi(whole slide image)是非常大的，在一般情況下是沒有辦法處理的，所以才要借助openslide進行處理。下面是openslide在ubuntu下的安裝方法

pip3 install openslide-python

如果匯入時發生報錯，那一般是缺少依賴項，在終端執行：

sudo apt install python-openslide

首先要說明的一點是openslide的很多api的使用跟python自帶的pil相似，返回的物件是image物件而不是numpy中array物件，這點需要特別注意。因此在處理上一般都會將其轉化為array物件，其預設的通道順序是rgb。但是還有一點需要注意的是，轉化為array物件後是4通道，即在rgb後會再加乙個alpha（透明度）通道，其形式為【r,g,b,a】。

關於座標問題，還是跟python自帶的pil相似，都是（影象的寬，影象的高），跟array中矩陣的順序（影象的高，影象的寬）是相反的。而基於numpy的opencv、skimage在處理影象矩陣是都是先height後width的，即img【height，width】。

影象讀取

import openslide as opsl
slide=opsl.openslide(
'***x.svs'
)

這裡得到的是slide物件，後續對於wsi影象的操作都是基於此。

屬性

slide.level_count

level_count屬性是svs有多少層金字塔結構。所謂的金字塔結構，就是svs已經儲存了從上到下每一層取樣的圖titles，預設情況下0級是原圖，每向下一級相當於是對上一級影象的乙個下取樣，下取樣比例一般是4，也可以是2。

slide.level_dimensions

level_dimensions屬性是獲取指定級下的影象的寬和高，返回的是乙個list，每乙個元素是乙個陣列。

slide.level_downsamples

level_downsamples屬性返回的是指定級別下的下取樣比例，需要注意的是這個數字表示對0級影象的下取樣倍數。

提取影象

在opensilde中提取影象有兩種方法，分別是get_thumbnail和read_region。get_thumbnail是根據你指定的尺寸，返回原圖的縮圖；read_region提取指定層數下指定起始位置和大小的切片截圖。在對0層影象(即原圖)進行取樣和處理中，read_region更常用。需要注意的是，不論是get_thumbnail還是read_region，二者返回的都是python的影象物件，如果需要用別的影象處理工具進行後續的影象處理，比如skimage或opencv，都需要先將其轉為numpy格式。

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail(slide.level_dimensions[2]
)# 以2級影象的尺寸作為指定輸出的縮圖尺寸返回乙個縮圖影象
slide_thumbnail = slide.get_thumbnail(
(1000
,600))
# 也可以自己指定乙個具體的數值，需要注意的是，第乙個引數實際上代表的是寬w，第二個引數代表的是高h

tiles = slide.read_region(
(location, level, size)
# read_region方法有三組引數，第一組引數是你要提取切片的起始座標(該座標是對應曾經下的座標)，
# 第二組引數是你要提取的影象層級
# 第三組引數是切片的尺寸，同樣是(寬，高)的形式

這裡需要特別注意的location座標必須是0級圖下的座標，即如果不是取0級圖，那麼必須將提取切片的起始座標還原在0級圖下的座標，下面是引數說明。

def
get_thumbnail
(self, size)
:"""return a pil.image containing an rgb thumbnail of the image.
size:     the maximum size of the thumbnail."""

def
read_region
(self, location, level, size)
:"""return a pil.image containing the contents of the region.
location: (x, y) tuple giving the top left pixel in the level 0
reference frame.
level:    the level number.
size:     (width, height) tuple giving the region size.
unlike in the c inte***ce, the image data returned by this
function is not premultiplied."""

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