測序技術迄今為止已發展了三代，測序技術有4個指標：讀長、成本、準確度、通量。
成本、準確度這兩項指標都很好理解，成本下降使得單個人類基因組的花費已經從2023年的1億美元下降到了1000美元以下。準確度則是測序結果的準確程度，例如二代測序的solid可以達到99.9%，而唯一投入實用的三代測序pacbio錯誤率為15%。
讀長指的是測序反應所能測得序列的長度，如果dna序列長度高於讀長，那麼必須把dna序列分割成長度在讀長以內短序列才能測序。一代測序雙脫氧鏈終止法(sanger法)的讀長是1000bp，二代測序較低為50bp-300bp，三代可以達到5000bp以上，最長讀長甚至能達到20kb，較長的讀長也正是三代測序最大的優勢所在。
通量指的是單位時間內所能產生的資料量，這個概念乍聽起來有些抽象，其實這是乙個測序速度、測序數量的綜合體現。二代測序測序效率大幅提公升，不僅在於測序速度的提高，更重要的是能同時對幾百萬條序列進行測序，這也就是二代測序的別稱高通量測序（ngs）的由來。模擬流量=流速*橫截面積，通量=測序速度*同時進行的測序反應數量。 以一台雙flow cell的hiseq2500為例，一次執行27小時產出的資料量就多達60g，相當於20個人的完整基因組！
科學與時代一起進步,測序技術的發展帶來了基因組學的革命。綜合這些測序技術,我們不難看出測序技術一直向著成本越來越低、通量越來越大、速度越來越快的方向穩定的發展著。測序成本、讀長的長度和測序的速度以及通量一直是評價測序技術先進與否的重要衡量標準。而測序成本往往在一定程度上決定了這個技術在基因組測序應用中是否會得到普及。在2023年，發明的自動測序儀檢測乙個鹼基的成本消耗為大約1美元; 2023年,abi prism® 3700 dna analyzer測序儀檢測乙個鹼基僅僅需要0.1美元; 如今，廣泛使用的二代三代測序技術所需要的測序成本則更低。測序資料讀長定義為測序得到的片段長度, 它的大小將深刻的影響後續對於所測資料的序列拼接質量的好壞和難易。更長的序列讀取長度意味著可以為後續的基因組裝工作減負,而測序技術在追求更長的序列讀長的同時卻難免出現測序錯誤的增加情況。測序通量是指一定時間內可以測序得到的資料量。更高的測序速度一定程度上能夠降低測序時間成本、提高工作效率。
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