前段時間第一次拿到200多個群體的測序資料，準備對這些資料分析，然後就遇到自己以前分析幾個樣本不會遇到的問題：illumina平台一次上機會得到好幾個t的資料，公司是如何保證不會把資料給錯使用者呢？
其實答案我也知道，就是給不同樣本加上barcode，但是我沒想到的是barcode居然有那麼多組合方式。
barcode雖然可以簡單分為兩種，如下
但是在reads**現的花樣就特別多了，可以只在一端read**現inline barcode（圖一），或在一端read**現index barcode（圖二），也可以在一端read中同時有inline barcode和index barcode（圖三），也可以在一端有inline barcode 加 index barcode，在另一端只有 index barcode（圖四），以及在兩端都只有index barcode（圖五）, 最後是在兩端都有 inline barcode（圖六）
圖一：se|pe single inline barcode
圖二：se|pe single index barcode
圖三：se inline barcode + index barcode
圖四：pe inline barcode + index barcode
圖五：pe index barcode
圖六：pe inline barcode
雖然有那麼多加barcode的策略，但其實本質上是兩種標記策略。當然還有一種策略就是你承包一條lane，這樣子你就不需要加barcode，也就是圖a。
圖b中的barcode就是inline code，它在接頭的5'端即測序引物那部分上，和dn**段鄰近，在測序的時候，加入引物，然後一邊合成一邊測序，於是在最後的序列中就會引入barcode。
圖c的index是index barcode，在接頭的3'端，測序的時候也是先加第乙個引物(sp1)，然後一邊合成一邊測序，等讀完之後，再加入index引物(ip)去測index的部分，對樣本進行區分，因此不會占用讀長。
rd: read，短讀如果樣本比較小，也就是十幾個，公司會用index barcode，得到的read長度都是100或150。如果樣本有上百個，公司就考慮用inline barcode，如果返回的是分開樣本的fastq，那麼長度就不到150，100，因為去掉了inline barcode。sp: sequencing primers， 測序引物
Android射頻校準標誌位（Barcode）
int get barcode from nvram char barcode result logd tag entry get barcode from nvram if barcode result null while read nvram ready retry max retry cou...
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