psi-blast
psi-blast是由blastpgp命令實現的，它的大部分引數是與blastall一致的，只有少數與迭代檢索相關的選項是特別的：
-j: 最大迭代檢索的次數，預設值1，即等同與在blastall中所使用blastp程式
-h: 在每輪檢索後構建新的打分矩陣時所選擇的序列的期望值(e value)的閾值，預設值0.001
-c: 將生成的位點特異性的打分矩陣輸出到乙個檔案（二進位制格式）
-r: 從檔案讀取乙個原先輸出的位點特異性的打分矩陣，然後使用這個矩陣來繼續進行以後的檢索比對
-q: 輸出乙個可讀的文字（ascii）格式的psi-blast的打分矩陣
-b: 設定讓blastpgp讀取乙個已經存在的多重比對檔案來構建位點特異性的打分矩陣而進行以後的檢索
如下命令所示：
blastpgp -i query.faa -d db_name -o query_out
fastacmd從資料庫中提取序列
-a：是否提取重複accession號的序列[t/f]
-l ：設定輸出的序列檔案每行的字元數
-t ：設定在fasta格式的序列的描述行中只包含gi號[t/f]
-o：輸出檔名
命令如下：
fastacmd -d db_name -s p38398
本地BLAST使用手冊
因為畢設需要用到blastn做本地序列比對，參考部落格所寫的教程和本人的使用經歷，寫這篇部落格 wget tar zxvf ncbi blast 2.11.0 x64 linux.tar.gz blast軟體 vim bash rc 新增上export path ncbi download dir ...
blast的本地簡單執行
一 軟體配置 curl o tar zxvf ncbi blast 2.6.0 x64 linux.tar.gz echo export path path src ncbi blast 2.6.0 bin bashrc source bashrc 二 序列比對 序列比對，顧名思義需要參考序列庫，以...
blast 簡單使用
可以用conda安裝 收集mask資訊 為了遮蔽簡單重複序列的干擾，需要收集mask資訊。核酸序列 演算法有windomasker和dustmasker兩種。此處用的是dustmasker.dustmasker in genome.fasta infmt fasta parse seqids out...