2020 10 13丨Blast本地比對及視覺化

2021-10-25 18:31:33 字數 973 閱讀 3881

安裝好之後,通過幫助頁面確認可以使用。

然後,我們就可以以b基因組為資料庫,對a基因組進行比對了。這裡要說明的是,blast生成的結果檔案有多種格式,由於後面視覺化工具有格式要求,因此我生成的是xml格式第五個版本。

得到結果

他的功能主要就是展示blast的比對結果,這裡,我們直接選擇load results,可以得到上傳及引數選擇解面

這裡要求上傳檔案格式為xml,之前我們比對時已經設定好,所以不用再重新執行。至於引數選擇該如何選擇,這要看你的比對結果,我給大家分別展示一下預設引數,以及修改引數後的圖表結果。

這是引數較低時的結果,部分序列會匹配到其他位置上。有顏色的地方是比對上的,白色就是沒比對上的,顏色越深,bit score分數越高。看到的白線實際是兩條。兩條白線中間代表比對的序列,不過由於片段較小,大圖看起來就只有一條白線,可以明顯看到篩選引數較低會出現錯配情況

設定合理的篩選引數後(我這裡提高了bit score值),可以看到大部分序列都是相對應的。但中間仍有很多沒有匹配上的序列片段。

到這裡,我們基本可以解釋兩條基因組即使物種類似,也不能用a基因組比對後再用b基因的注釋檔案去進行注釋。

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