因為畢設需要用到blastn做本地序列比對,參考部落格所寫的教程和本人的使用經歷,寫這篇部落格
wget
tar -zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz
blast軟體
vim ~/.bash_rc
新增上export path=~/ncbi-download-dir/bin:$path
blast資料庫
blastdb的檔案目錄要自己建立
新增上export blastdb=~/ncbi-download-dir/blastdb
我以人類基因組序列為例
wget
注意:這個tar.gz包裡是blast安裝好的資料庫,可以直接用,不需要makeblastdb這一步操作
簡單給一條示例命令,更詳細的內容可以參考我上面給的部落格
blastn -db /yours-db-dir -query query.fa -outfmt 17 -out test.bam
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