通過氨基酸序列，**蛋白質二級結構
常用軟體：
psipred、jpred3、predictprotein、sspro、psspred、predator、gor v
測定主要方法：x射線衍射法、核磁共振法（分子量小的蛋白質）等
pdb檢索，或advanced search
pymol、vmd（免費）、maestro、canvasmol
1. 從頭計算法 ab initio
2. 同源建模法 homolog modeling（software: swiss model）（目前最準確的方法）
原理：相似的aa序列對應著相似的蛋白質結構。
步驟：（1）尋找與目標序列有著30%以上一致度的模板；（2）為目標序列與模板序列（可為多條）建立序列比對，通常比對軟體自動建立的序列比對需要進一步人工校正；（3）根據建立的序列比對，用同源建模軟體**結構模型；（4）模型質量評估
若一致度達到30%，模型準確度可達到80%，模型可用於尋找功能位點以及推測功能關係等；
若一致度達到50%，模型準確度可達到95%，根據模型可設計定點突變實驗、晶體結構置換、輔助完成真實結構的測定；
若一致度達到70%，基本認為模型完全代表真實結構，可用於虛擬篩選、分子對接、藥物設計
小概率事件：兩個序列
3. 穿線法 threading（software: i-tasser）
（1）原理：不相似的aa序列也可以對應相似的蛋白質結構（已知蛋白質結構約10w個，其所具有的結構拓撲只有1393個，自2023年沒有新的拓撲結構產生），將目標序列像線一樣穿在已知拓撲結構中的
綜合法 ensemble method
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