摘 要
如今pubmed文獻檢索系統上發表的醫學文獻的數量十分龐大，且數量逐年增加，研究人員如果想人工地去檢視找出pubmed文獻裡面的知識是絕對不可能，因此，人們轉而利用計算機去獲取文獻裡面的知識。
本篇**介紹了如何借用文字挖掘技術去挖掘出pubmed文獻裡面的知識，並且結合了目前文字挖掘技術，講述了如何實現了一套蛋白質磷酸化修飾的文字資訊挖掘系統。
本系統主要應用於挖掘出pubmed文獻裡面蛋白質磷酸化的修飾的一些資訊，包括被修飾的蛋白質，激酶，修飾位點，以及它們之間的關係。
本文詳細敘述了整套系統瀑布流模型的軟體過程，首先是需求，然後是設計，再是實現，依次展開。在實現的階段裡面又包含了文字預處理階段，命名實體識別階段，實體關係提取階段，資料視覺化階段，其中著重介紹了文字挖掘技術中兩個的關鍵也是核心階段的原理：命名實體識別和關係提取。同時也介紹了abner工具和rlims-p工具的原理和應用。此外文獻資料庫的數量龐大，為了提高程式效能和使用者體驗，於是介紹了幾種提高效率，提高使用者體驗的解決方案，其中有多執行緒處理，快取機制，預處理機制。
蛋白質濃度與鹽脅迫的關係 蛋白質的分離純化（二）
從原料中抽提得到的蛋白質溶液一般蛋白質含量較低，並含有多種雜質。對抽提液進行初步提取，也稱粗提或粗分級，主要目的是除去糖 脂類 核酸及大部分雜蛋白，並將蛋白濃縮。這一步的操作一般應該盡量簡單快速，並且適於處理大量樣品，所以以沉澱法為主，包括簡單沉澱 分級沉澱等。簡單沉澱是一次性完成，分級沉澱是分次加...
MINT 蛋白質相互作用資料庫簡介
mint,全稱molecular interaction database,是乙個蛋白質相互作用的資料庫，該資料庫中的蛋白相互作用都是由專家審核過的有實驗證據支援的，目前該資料庫涵蓋了607個物種，共117001個蛋白相互作用關係。如下 對於蛋白a和蛋白b,如果二者存在相互作用，就說存在乙個inte...
用EDA處理蛋白質資料小記
這兩天在做蛋白質資料的eda exploratory data analysis 試了table one pca volcano plot和manhattan plot。實現語言為r。資料簡要介紹 蛋白質在全血中濃度log後的值，以及一張含各variable的表。protein資料648 prote...