巨集蛋白質組資料分析相對較難，不同於常規蛋白質組分析，因為資料庫太大，無法直接進行搜庫匹配，需要對資料庫進行優化。整理了幾個發表的巨集蛋白搜庫分析工具。具體效果如何，還需要測試。
發表：proteostorm: an ultrafast metaproteomics database search framework
針對dia腸道菌群資料。
發表：data-independent acquisition mass spectrometry in metaproteomics of gut microbiota—implementation and computational analysis
主要針對下游分析，如物種注釋和功能分析。特點，直接從肽段水平去做物種和功能注釋。
發表：unipept 4.0: functional analysis of metaproteome data
工具：
採用的是兩步搜庫法。
發表：the metaproteomeanalyzer: a powerful open-source software suite for metaproteomics data analysis and interpretation
MINT 蛋白質相互作用資料庫簡介
mint,全稱molecular interaction database,是乙個蛋白質相互作用的資料庫，該資料庫中的蛋白相互作用都是由專家審核過的有實驗證據支援的，目前該資料庫涵蓋了607個物種，共117001個蛋白相互作用關係。如下 對於蛋白a和蛋白b,如果二者存在相互作用，就說存在乙個inte...
蛋白質組學實驗設計 質控與分析
1 常用流程 流程說明 1.材料收集 細胞 細胞上清 組織 血漿 血清 腦脊液 外泌體 尿液.2.定量技術 蛋白組 itraq tmt labelfree silac 修飾 代謝組 靶向 非靶 3.資料驗證 蛋白組 prm wb elisa 代謝組 mrm 4.深入研究 臨床標誌物 生理病理機制 藥...
蛋白質組學資料的歸一化 標準化處理
目錄 資料縮放scaling 標準化 歸一化 的那些事 表達矩陣的歸一化和標準化，去除極端值，異常值 基因晶元資料分析 一 晶元資料預處理 乙個表達矩陣，通常行為蛋白，列為不同樣本，我們可以標準化行，也可標準化列，具體問題具體分析，關鍵在於要解釋什麼問題。比如我們要盡可能減弱系統偏差對樣本蛋白定量值...