RDKit 化合物相似性搜尋（基於Python3）

化合物相似性在化學資訊學和藥物發現中具有悠久的歷史，許多計算方法採用相似度測定來鑑定研究的新化合物。

本例項通過計算分子的morgan指紋進行相似性比對。

#匯入依賴包

#!/usr/bin/env python3
from rdkit.chem import allchem as ch
from rdkit.chem import draw as d
from rdkit import datastructs

#載入分子庫

suppl = ch.sdmolsupplier('drugbank.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not none]
len(mols)    #計算分子庫分子數目

#讀入查詢分子，計算指紋

nicotine = ch.molfromsmiles('o=c(c)oc1ccccc1c(=o)o')
nicotine_fingerprint = ch.getmorganfingerprint(nicotine, 2)

#計算分子庫每個分子指紋

mols_fps = [(m, ch.getmorganfingerprint(m, 2)) for m in mols]

化合物相似性搜尋 RDKit 化合物相似性搜尋

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