這是個genebank的序列檔案
這個檔案需要轉換成fasta格式的檔案，指令碼如下：
import re
output = open("data3.txt","w")
with
open("sequence.gb","r") as f:
read = f.readlines()
title = read[0]
title = ">"+title[12:20]
print(title)
output.write(title)
output.write("\n")
seq = read[81:138]
seq_complete =
for i in seq:
for e in i:
if re.match("[a-z]",e):
seq_complete = "".join(seq_complete)
#print(seq_complete)
output.write(seq_complete)
output.close()
import re
f=open('sequence.gb','r')
seq=""
forline
in f:
if re.search('accession',line):
m=line.split('accession')[1].strip()
if re.search('organism',line):
n=line.split('organism')[1].strip()
print ('> %s : %s' % (n,m))
if re.search('[0-9] [a-z]',line):
s=re.split('[0-9] ',line)[1]
print (s.split(" "))
for i in s.split(" "):
seq=seq.rstrip()+i.rstrip()
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