R語言 TCGA資料分析一

2021-07-16 14:50:53 字數 972 閱讀 6074

我最近在做tcga資料分析,在處理中遇到的問題及其收穫。主要包括:

涉及到的函式有:小寫

大寫 單一的區域性匹配

多個全域性匹配

保留固定長度的字元在ranseqgene中case id 為大寫的,而clincial中為小寫的。需要對case id 做轉換。

方案一:大寫變小寫

tolower(colnames(luad_rnaseqgene))
方案二:小寫變大寫
toupper(rownames(luad_clinical))
在找tumor 的case id 時,需要採用這個函式將所有的tumor 找出來。

grep("\\.01a",colnames(luad_rnaseqgene))
對於normal的查詢類似處理。

由於case id 很長,我們只需要前面的12或16個字元來作為識別驗證。

substr(colnames(luad_clinical),1,12) # 保留12位
rna中對映到clinical中,採用這個函式

例子

#定義a

> a<-c(1,2,3,4)

#定義b

> b<-c(3,4,5,6,7)

#匹配》 match(a,b)

[1] na na 1 2

#a和b中共同的元素

> a[-which(is.na(match(a,b)))]

[1] 3 4

#a和b中共同的元素

> b[match(a,b)]

[1] na na 3 4

#a中有的元素而不在b中

> a[is.na(match(a,b))]

[1] 1 2

注:match的結果長度與a保持一致,na表示該位置元素不在b中,非na表示該元素在b中的位置。

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