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1、該軟體是二進位制的，解壓後可以直接用，加壓後可看到2bwt-builder，soap兩個可以執行的檔案
1.1 用2bwt-builder對fa檔案建立索引
使用方法：2bwt-builder 1.2. 將reads與序列進行比對
se:/soap/soap2.21release/soap –a -d -o pe:/soap/soap2.21release/soap –a -b -d -o -2 -m -x 1.3 *.pe *se的比對檔案格式類似; *ue是未比對上的read,以fa的格式儲存。
從左到右
1. 編號: read 的編號
2. read的序列.如果read比對上參考序列的負鏈，會被反向互補為正鏈
3. 質量值:序列的質量值，和序列順序一致，如果read反向互補，質量值也會隨著改變
4. 比對上的次數: 最優比對的次數。沒有比對上的read將被忽略
5. a/b:pair-end比對的標記, 表示read屬於來自哪個檔案
6. 長度: read長度,如果是容缺失的比對，長度將是加上缺失片斷的長度
7. +/-: 比對上參考序列的正鏈或負鏈
8. 染色體名稱:參考序列的染色體名稱
9. 位點:第乙個鹼基在染色體上的位置，從1開始
10. 錯配的個數
11. 錯配的詳細資訊
12. 比對上的數目
13. 對比的細節
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