SnpHub搭建(四) SnpHub例項的上線

2022-07-17 16:12:17 字數 1540 閱讀 3262

在裝好了環境(snphub搭建 | centos 7下配置snphub所需系統環境)、準備好了資料(snphub搭建 | 資料預處理與樣本描述檔案準備)、填好配置檔案(snphub搭建 | 手動處理資料後的配置檔案填寫)之後,就可以準備將snphub例項上線使用了。

目錄官方安裝教程:download shiny server for red hat/centos 6+

官方配置教程:shiny server professional v1.5.14 administrator's guide

wget 

sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.5.14.948-x86_64.rpm

# 安裝完成後啟動、停止與重啟shiny-server

sudo systemctl start shiny-server

sudo systemctl stop shiny-server

sudo systemctl restart shiny-server

# 允許/禁止開機啟動

sudo systemctl enable shiny-server

sudo systemctl disable shiny-server

安裝完成後,預設配置檔案路徑為/etc/shiny-server/shiny-server.conf

去掉注釋後,配置檔案內容如下:

run_as shiny;

server

}

這表示,shiny-server正在監聽3838埠,有乙個url路徑是url根目錄。shiny應用放在路徑/srv/shiny-server中,應用日誌放在/var/log/shiny-server中。

當訪問url:3838/的時候,shiny-server會在路徑/srv/shiny-server中尋找index.html檔案。

directory_index項表示當未尋找到index.html檔案時,是否列出資料夾內各檔案(夾)。出於安全考慮,建議設為off

如果把snphub例項整個資料夾命名為snphub-1,並放入路徑/srv/shiny-server中,則可以通過**:3838/snphub-1訪問到。

如果瀏覽器返回無法連線伺服器或類似錯誤,請檢查對應埠是否開放、shiny-server是否執行

若只想改變應用放置路徑或日誌檔案路徑,則更改site_dirlog_dir對應的路徑即可。

run_as shiny;

server

log_dir /user/someone/shinylogs;

directory_index off;

}}

SnpHub搭建(四) SnpHub例項的上線

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