atac-seq,英文全稱assay for targeting accessible-chromatin with high-throughout sequencing。用於研究染色質可及性/開放性的方法。
一、什麼是染色質可接近性/開放性？
dna與組蛋白結合後形成核小體，核小體再進一步摺疊壓縮後最終形成染色質。dna的複製和轉錄都需要將染色質緊密結構開啟，從而允許調控因子結合dna。這部分被開啟的染色質，就叫開放染色質區域（open chromation region,ocr）。開放染色質允許調控因子結合的特性稱為染色質的可接近性（chromatin accessibility）。
二、原理
轉座子：一段可以從原位上單獨複製或斷裂下來，環化後插入另一位點，並對其後的基因起調控作用的dna序列。
轉座酶：能把轉座子從相鄰序列中脫離出來。
極活躍的tn5轉座酶 能將測序接頭插入到染色質可接近區域。而染色質其他區域和組蛋白緊密結合，以核小體的形式存在，轉座酶不能作用於非開放區域。之後再通過測序分析，可得到開放染色質資訊。
注：開放與否由啟用子 promoters、增強子enhancers和其他調控元件regulatory elements以及是否能與轉錄機器accessible to transcription machinery 接觸決定。染色質的壓縮與動態的表觀遺傳密碼有關：dna甲基化、核小體位置、組蛋白結合以及修飾、轉錄因子、染色質重塑複合物和非編碼rna。
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