從零開始配置乙個伺服器(生信與臨床研究方向)

2021-10-23 12:52:14 字數 3796 閱讀 5349

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安裝 r studio server

安裝 python3

安裝 jupyterhub

配置 x11 **

vi /etc/passwd

vi /etc/shadow

#更改這兩個檔案的第一行的 root 為新使用者名稱

sudo

passwd root

useradd user01 -d /home/user01

passwd user01

yum install openconnect

openconnect ocvpn.sysu.edu.cn -u netid

yum install epel-release

yum install r

wget

yum install rstudio-server-rhel-1.3.1073-x86_64.rpm

#登入方式為ip:8787,不能用root賬號登入

wget 

tar zxf python-3.8.5.tgz

cd python-3.8.5/

./configure --prefix=/usr/python --enable-shared cflags=-fpic

make

&&make

install

ln -s /usr/python/bin/python3 /usr/bin/python3.8

ln -s /usr/python/bin/pip3 /usr/bin/pip3

#新增lib,沒有這一步會報錯

vim etc/ld.so.conf.d/python3.conf #如果沒有這個檔案就重新建

/usr/python/lib #這檔案裡輸入這一行就退出

ldconfig #輸入這個命令後才能生效

python3.8 --version

wget

xd -d *tar.xz

tar -xvf *.tar

#配置環境變數

vi /etc/profile #在這個檔案裡追加以下兩行

export nodejs_home=/root/software/nodejs/node-v14.8.0-linus-x64

export path=

$path

:$nodejs_home/bin

source /etc/profile

node -v

pip3 install jupyterhub -i  --trusted-host mirrors.aliyun.com

pip3 install notebook -i --trusted-host mirrors.aliyun.com

jupyterhub --generate-config

jupyter notebook --generate-config

可能踩的坑

modulenotfounderror: no module named 『_ctypes』

錯誤原因:

python3中有個內建模組叫ctypes,它是python3的外部函式庫模組,它提供相容c語言的資料型別,並通過它呼叫linux系統下的共享庫(shared library),此模組需要使用centos7系統中外部函式庫(foreign function library)的開發鏈結庫(標頭檔案和鏈結庫)。

由於在centos7系統中沒有安裝外部函式庫(libffi)的開發鏈結庫軟體包,所以在安裝pip的時候就報了"modulenotfounderror: no module named 『_ctypes』"的錯誤。參考資料

yum install libffi-devel

#安裝這個庫後,要重新進入 python3 的安裝包,重新編譯

cd python3.8

make

&&make

install

importerror: no module named _ssl

#檢視openssl是否已經安裝

rpm -qa|

grep openssl

whereis openssl

# 安裝 openssl-dev

yum install openssl-devel

# 修改 setup 檔案

cd python3.5/modules

vim septup

# 把以下 4 行的注釋去掉

ssl=/usr/local/ssl

_ssl _ssl.c \

-duse_ssl -i$(ssl)

/include -i$(ssl)

/include/openssl \

-l$(ssl)

/lib -lssl -lcrypto

# 重新編譯

make

&&make

install

參考資料

modulenotfounderror: no module named 『pysqlite2』

錯誤原因,伺服器一般是從原始碼安裝 python 的,sqlite3並沒有包含在安裝包裡,需要依賴系統的庫

yum install sqlite-devel

sqlite3 -version

#照例重新編譯安裝 python

cd python3.8

make

&&make

install

jupyterhub 預設埠是 8000

# 建立乙個 jupyterhub.sh 指令碼,內容如下

#!/bin/bash -l

jupyterhub --no-ssl >> jupyterhub.log

# 讓 jupyterhub.sh 變成可執行檔案

chmod a+x jupyterhub.sh

# 在/etc/systemd/system/ 下建立乙個 jupyterhub.service 的檔案,寫入如下命令

[unit]

description=jupyterhub

after=syslog.target network.target

[service]

user=root

execstart=/root/software/jupyterhub.sh

[install]

wantedby=default.target

# 啟動服務

systemctl start jupyterhub

systemctl status jupyterhub

# vi /etc/ssh/sshd_config

x11forwarding yes

x11displayoffset 10

x11uselocalhost yes

# sudo systemctl restart sshd

# 不行的話安裝 xauth

yum install xorg-x11-auth

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