1、startalign.pl的時間與genome.fasta的contig的數量相關，genome.fasta大小為1g，24個cpu的情況下，如果是2000個contigs大約3個小時，後面gmes_petap.pl的時間大約也是3小時。
相同的基因組大小，如果contigs為10000個，時間大約是40個小時。
如果可能，建議過濾掉太短的contig。seq_tool.py len-filter -i genomic.fna -l 1000 -o genome.over1k.fasta
2、repeatmodeler，如果參考同源蛋白只有序列名，序列內容為空，會在執行過程中停止，並且不會報錯，所以一定要檢查輸入的pep.fasta；
3、genome.fasta中序列名稱最好不要有空格，長度不大於50。
否則會在filtergenesin_mrnaname.pl這一步出錯。
less genome.over1k.fasta |perl -e 'while(<>)else}' >src_genome.fasta
4、 沒有rna資料：
如果只有genome.fasta和homolog.fasta，那麼可以用
braker.pl --species=test --genome=genome.fasta --prot_seq=homolog.fasta --prg=gth --trainfromgth
不提供rna資料來做，1個g的基因組，10m的homolog.fasta，對基因組採用6%隨機取樣，跑了一下測試；
optimizing augustus parameters這一步會花費4個小時，optimize_augustus.pl
running augustus with hints這一步會花費3個小時，augustus
按照這樣的時間估算，沒有rna資料，1個g的基因組，10m的蛋白質，不考慮contigs組裝的質量，大約需要116個小時跑完braker。
# mon mar 30 07:12:49 2020: optimizing augustus parameters
perl /path/.conda/envs/lq/bin/optimize_augustus.pl --rounds=5 --species=pacri --kfold=8 --augustus_config_path=/path/.conda/envs/lq/config/ --onlytrain=/path/pre/pacri/braker/pacri/train.gb.train.train /path/pre/pacri/braker/pacri/train.gb.train.test 1>/path/pre/pacri/braker/pacri/optimize_augustus.stdout 2>/path/pre/pacri/braker/pacri/errors/optimize_augustus.stderr
# sun apr 5 01:23:01 2020: parameter optimization finished.
時間這麼長可能的原因是基因組質量不太好，大於1000的contigs有3萬多個，沒過濾之前contigs有17萬條。
拭目以待下一步要多久。
# sun apr 5 01:37:11 2020: running augustus with hints for file /path/pre/pacri/braker/pacri/genome.fa
/path/bin/augustus --species=pacri --augustus_config_path=/path/config/ --extrinsiccfgfile=/opt/biosoft/braker-2.1.2/scripts/cfg/gth.cfg --alternatives-from-evidence=true --hintsfile=/path/pre/pacri/braker/pacri/hintsfile.gff --utr=off --exonnames=on --codingseq=on --allow_hinted_splicesites=gcag,atac /path/pre/pacri/braker/pacri/genome.fa 1>/path/pre/pacri/braker/pacri/augustus.hints.gff 2>/path/pre/pacri/braker/pacri/errors/augustus.hints.stderr
# tue apr 7 10:20:58 2020: ****** a gtf file from /path/pre/pacri/braker/pacri/augustus.hints.gff
cat /path/pre/pacri/braker/pacri/augustus.hints.gff | perl -ne 'if(m/\taugustus\t/) ' | perl /path/bin/gtf2gff.pl --printexon --out=/path/pre/pacri/braker/pacri/augustus.hints.tmp.gtf 2>/path/pre/pacri/braker/pacri/errors/gtf2gff.augustus.hints.gtf.stderr
# tue apr 7 10:21:10 2020: augustus prediction complete
# tue apr 7 10:21:10 2020: ****** a fasta file with protein sequences of /path/pre/pacri/braker/pacri/augustus.hints.gtf平行還有個contigs是3906條的在跑，看看時間的對比。
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