通常我們手裡有乙個bed區間的範圍，但只看這個沒有什麼概念，所以，要對這個bed區間進行注釋，看看都是什麼基因。
anno_file =
'gs.anno'
bed_file =
'44.bed'
# 目標bed區間 我的是4列，但只用裡前三列
target_gene_file =
'44_gene_list.txt'
# 想要保留的基因名稱
out_file =
'gs.anno.tx'
# 結果檔案 4 列
with
open
(target_gene_file)
as f_gene:
target_gene_list = f_gene.read(
).strip(
).split(
'\n'
)with
open
(anno_file)
as f_anno:
anno_list =
[i.split(
'\t'
)for i in f_anno.read(
).strip(
).split(
'\n')]
# 篩選所需要的的基因位置
tx_list =
for line_anno_list in anno_list:
if line_anno_list[-1
]in target_gene_list::3
]+ line_anno_list[-1
:])# 寫出篩選後的 bed&gene 對應檔案
with
open
(out_file,
'w')
as f_out:
for out_line_list in tx_list:
f_out.write(
'\t'
.join(out_line_list)
+'\n'
)
**如下（示例）：
bedtools intersect -a 44.bed -b gs.anno.tx -loj > out_file_loj
awk -v ofs=
"\t"
"" out_file_loj |
uniq
> out_file_loj_uniq
bedtools groupby -i out_file_loj_uniq -g 1,2,3 -c 4 -o collapse > out_file_loj_uniq_collapse
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