一、實驗原理凝膠遷移或電泳遷移率實驗 (electrophoretic mobility shift assay，emsa)是一種研究dna結合蛋白和其相關的dna結合序列相互作用的技術，可用於定性和定量分析(hellman lm and fried mg, 2007)。這一技術最初用於研究dna結合蛋白，目前也可用於研究rna結合蛋白和特定的rna序列的相互作用 (rio, 2018)。
在實驗中，通常將純化的蛋白或細胞粗提液和生物素標記的dna或rna探針一同保溫，在非變性的聚丙烯凝膠電泳上，分離複合物和非結合的探針。其中dna-複合物或rna-複合物比非結合的探針移動得慢，而探針移動的較快。
圖1 emsa原理圖二、實驗目的
對探針和蛋白進行互做驗證三、主要儀器
dycp-32a核酸電泳儀
gnp-9080型恆溫培養箱
gl-21m型高速冷凍離心機
dk-42恆溫水浴鍋
forma3111型細胞培養箱
jy92-iin型細胞超聲破碎儀
zqwy-200型恆溫振盪器四、 實驗步驟
樣本製備
探針標記及檢測
形成蛋白-探針複合物
製備凝膠、電泳
轉膜檢測五、課後習題及解答
1.研究蛋白-核酸互作有哪些技術？
答：凝膠電泳遷移率（emsa）、染色質免疫沉澱（chip）、rna pull down / dna pull down、雙螢光素酶報告基因、酵母單雜交。
2、為什麼實驗背景高？
答：1）tbe溶液中有懸浮物；2）**或者成像時間過長；3）蛋白的質量不高，雜質多；4）沒有清洗乾淨；5）實驗過程中膜沒有一直處於濕潤狀態；6）封閉時間不足或者效率不高。
3、探針的儲存條件？
答：為防止探針降解，探針應儲存在 -20 ℃。
4、為什麼看不到遷移帶？
答：1）蛋白降解或者提取量不足；2）標記的dna探針量太少或者樣本中沒有可以與探針結合的蛋白；3）探針降解或者探針與蛋白無特異性互作；4）**或成像時間過短；5）轉膜效率低或者未轉過來。
5. western blot和emsa有什麼不同的意義
答：western blot 只能反應含量，不能反應待測分子的生物學活性。emsa是蛋白分子與靶序列核酸的結合量，反應的是該分子的生物學活性。
6.在dna探針的選擇上，要考慮哪些重要因素？
答：1）目的dna的長度應小於300bp；2） 如目的蛋白已被鑑定，應該使用短的寡核苷酸片段；3）長的限制性酶切片段可用於對特定的啟動子/增強子區域內的蛋白結合位點定位 。六、考試重點
1.金開瑞emsa技術金開瑞emsa技術
金開瑞提供emsa檢測技術服務，幫助您檢測dna結合蛋白、rna結合蛋白、特定的蛋白質，並可進行未知蛋白的鑑定。
2技術流程技術流程
接收訂單及樣品 、實驗設計、合成探針、emsa電泳凝膠配置、emsa反應、電泳檢測、顯色反應 、結果交付
3客戶提供
1.需提取核蛋白的細胞＞107，動物組織不少於400 mg，植物組織不少於2 g，建議客戶在金開瑞表達重組蛋白；
2.探針序列；如使用結合蛋白特異性抗體，抗體50 μl以上，濃度大於0.5 mg/ml。
4 最終交付
實驗報告，含完整的實驗流程、實驗結果資料及。
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