在sam輸出的結果中每一行都包括十二項通過tab分隔，從左到右分別是：
1 序列的名字
2 概括出乙個合適的標記，各個數字分別代表1 序列是一對序列中的乙個
2 比對結果是乙個pair-end比對的末端
4 沒有找到位點
8 這個序列是pair中的乙個但是沒有找到位點
16 在這個比對上的位點，序列與參考序列反向互補
32 這個序列在pair-end中的的mate序列與參考序列反響互補
64 序列是 mate 1
128 序列是 mate 2
假如說標記為以上列舉出的數目，就可以直接推斷出匹配的情況。假如說標記不是以上列舉出的數字，比如說83=(64+16+2+1)，就是這幾種情況值和。
3 參考序列的名字
4 在參考序列上的位置
q值的計算方法來自與sam標準格式，請檢視sam總結。
6 代表比對結果的cigar字串，如37m1d2m1i，這段字元的意思是37個匹配，1個參考序列上的刪除，2個匹配，1個參考序列上的插入。m代表的是alignment match(可以是錯配)
7 mate 序列所在參考序列的名稱
8 mate 序列在參考序列上的位置
9 估計出的片段的長度，當mate 序列位於本序列上游時該值為負值。
10 read的序列
11 ascii碼格式的序列質量
12 可選的區域as:i 匹配的得分
xs:i 第二好的匹配的得分
ys:i mate 序列匹配的得分
xn:i 在參考序列上模糊鹼基的個數
xm:i 錯配的個數
xo:i gap open的個數
xg:i gap 延伸的個數
nm:i 經過編輯的序列
yf:i 說明為什麼這個序列被過濾的字串
yt:z
md:z 代表序列和參考序列錯配的字串
Oracle 控制檔案格式ctl檔案格式
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