linux 軟體安裝

# wget -c

## 軟鏈結即可

cd ~

ln -s /teach/software/miniconda3-latest-linux-x86_64.sh ./

## 安裝，安裝過程只需要輸入 yes 或者按 enter

bash miniconda3-latest-linux-x86_64.sh

## 重新啟用環境

source ~/.bashrc

## 檢視 conda 的幫助文件

## 配置映象，依次執行下面7句命令即可

# 下面這三行配置官網的channel位址

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels

conda config --add channels

conda config --add channels

conda config --add channels

conda config --set show_channel_urls yes

## 配置映象成功

# 檢視配置結果

##建立名為rna的軟體環境來安裝轉錄組學分析的生物資訊學軟體

conda create -y -n  rna  python=3
# 建立小環境成功，並成功安裝python3版本
# 每建立乙個小環境，安裝乙個python=3的軟體作為依賴
# 檢視當前conda環境
conda info -e
# 每次執行前，啟用建立的小環境rna
conda activate rna
# 退出小環境
conda deactivate

conda activate rna

# 安裝 fastqc 軟體
conda  install  fastqc
# 調出幫助文件
fastqc --help
# 可以指定軟體版本
conda install -y sra-tools=2.10.7 
# 可以一次安裝多個軟體
conda install -y trim-galore  hisat2  subread  multiqc  samtools  salmon  fastp
## 不是通過軟體名來呼叫幫助文件，而是軟體的命令
# sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
which prefetch
#  trim-galore
trim_galore --help
# hisat2
hisat2 -h
# subread
featurecounts
# multiqc
multiqc --help
# samtools
samtools
which samtools
# salmon
salmon
# fastp
fastp --help

linux 軟體安裝

1.qq 如果所gz包，開啟終端，進入到包所在的目錄，執行命令 tar zxvf 包名 解壓出來一般有三個檔案，qqlnk，res.db，qq 然後執行.qq qq就跑起來了 如果所rqm的話，直接執行rqm 檔名 2.bin檔案安裝 先進入到bin檔案目錄 執行命令 chmod a x 檔名 檔名...

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1.rpm軟體 安裝 終端命令 sudo rpm u package name.rpm 解除安裝 終端命令 sudo rpm e package name.rpm 2.deb軟體 安裝 終端命令 sudo dpkg i package name.deb解除安裝 終端命令 sudo dpkg r pa...

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1 軟體安裝解除安裝，分幾種情況 a rpm包，這種軟體包就像windows的exe安裝檔案一樣，各種檔案已經編譯好，並打了包，哪個檔案該放到哪個資料夾，都指定好了，安裝非常方便，在圖形介面裡你只需要雙擊就能自動安裝。如何解除安裝 1 開啟乙個shell終端 2 因為linux下的軟體名都包括版本號...