安裝fastqc Fastqc檔案資料質量質檢

前言：

conda的安裝與使用：

安裝環境：

centos linux release 7.8.2003 (core)

conda 4.8.5

conda和miniconda本質上是乙個東西，miniconda是conda的精簡版，需要什麼就裝什麼，不需要的就不裝，所以我個人使用的是miniconda。

miniconda官方**：

進入到指定的軟體安裝目錄：

因為miniconda本質上並不屬於生信軟體，所以我沒有把他裝在之前的生信軟體目錄(/home/biological/biosoftware)下(這也是乙個很好的習慣，大家也可以借鑑這種有點強迫症的思想，這樣可以很清楚的管理自己伺服器下的檔案)，而是放在了根目錄下：

cd ~

wget -c

chmod 777 miniconda3-latest-linux-x86_64.sh

然後執行：

bash miniconda3-latest-linux-x86_64.sh

程式執行時，最簡單的方式是一路「yes」下來，但是conda安裝中，當你的伺服器之前有安裝過軟體的話，conda可能會汙染你原來的環境，所以在安裝conda中，最好不要將其加入到環境變數裡，碰到下面的選項時，注意要選擇「no」

因為我們沒有選擇將conda加入環境變數中，所以輸入conda是會報找不到此命令的，而且也不能通過conda --version來驗證是否正確安裝，那麼我們要如何啟動conda呢？

因為我們軟體安裝在根目錄(~)中，所以我們進入到安裝目錄裡：

cd /root/miniconda3/

再進入到bin/目錄下找到乙個名為activate的檔案

我們首先給activate這個檔案，修改許可權，不然不能正常使用

chmod 777 activate

conda啟動：

利用

. ./activate

的命令，啟動conda

這時候，我們可以看到命令列前面，出現了(base),這就代表我們已經進入了conda的環境，這時候利用conda --version就能看到安裝的conda 版本號

這時候conda就已經正確安裝完成了

新增頻道：

conda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forge conda config --add channels  config --add channels  config --add channels  config --add channels

利用conda安裝fastqc:

安裝fastqc：

conda install fastqc

檢視是否正確安裝及安裝的fastqc軟體版本號：

我們可以利用fastqc -h檢視官方的技術文件：

這裡只簡單列出幾個常用的引數：

-o：fastqc生成的報告檔案的儲存路徑 (./ 代表的是當前目錄)

-t：需要用到的執行緒數(越多速度越快，但是要按照自己機器的配置來選)

進入到需要處理的資料所在目錄：

/home/biological/biodata/test/rnaseq_out

執行軟體：

fastqc -o ./ -t 8 srr12062121_1.fastq.gz srr12062121_2.fastq.gz

進入到輸出目錄，檢視執行結果:

能看到每乙個資料都得到了乙個.html網頁檔案與乙個壓縮包檔案。

這時候我們就可以開啟.html檔案，檢視分析結果了：

這裡只對基本資訊圖表所代表的生物學意義用圖示的方法講解，其他的詳細圖表可自行查詢相關資料進行學習，在這裡因為篇幅關係就不再一一展開講解了。

後面我們不需要fastqc這個軟體，所以我們可以退出當前所在的conda環境。

conda關閉：

conda deactivate

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