atomsk軟體簡介(一)
atomsk是一款比較適合新手的建模軟體,無論是在安裝方面還是使用方面,都很人性化,而且手冊寫的很全。atomsk軟體在自己電腦和組裡集群的安裝都比較簡單,但是在超算上安裝時,由於許可權問題,可能會出現一些小問題,今天就先介紹下在超算上安裝atomsk:
2.將安裝包上傳到超算資料夾中並解壓
3.在當前目錄或其它目錄建個資料夾(我這裡就建了名叫atomsk的資料夾)用於放atomsk的可執行檔案
4.進入到解壓好的資料夾(atoms_..-amd64)並開啟其中的install.s**件
5.修改install.s**件中下圖方框中的內容
6.其上圖方框中的binpath路徑全部換為atomsk資料夾所在路徑,後面兩個則將其中的/usr/local/換為atomsk資料夾所在路徑即可。
7.輸入./install.sh完成安裝
8.進入之前建立的名為atomsk的資料夾即可看到atomsk的可執行檔案atomsk~
9.將可執行檔案atomsk所在路徑寫進~/.bashrc 裡面後輸入source ~/.bashrc
10.另建乙個資料夾進入其中輸入:
atomsk --create bcc 2.1 ti lmp
即可得乙個lammps可讀取且名叫ti.lmp的模型檔案
至此,安裝完成,這麼安裝的原因是atomsk預設是安裝在bin目錄下,而這需要有管理員許可權~
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