cutadapt:
含流程,含各種:
hisat2和star:
當注釋檔案非常詳細時,建議使用star或hiset2
hisat2能夠處理snp資訊,可以同時比對dna和rna
關於hisat2的使用
(1)hisat2 index的構建
可以輸入的資訊包括:
①snp資訊
dbsnp common檔案
②可變剪下資訊
gtf/gff檔案
③參考基因組序列
genome fasta檔案
用hisat2 build index:
#生成外顯子資訊
hisat2_extract_exons.py hg38_refseq.gtf > hg38_refseq.exon
#生成可變剪下位點資訊
hisat2_extract_splice_sites.py hg38_refseq.gtf > hg38_refseq.ss
#生成snp和單倍體資訊
hisat2_extract_snps_haplotypes_ucsc.py ref_hg38.fa snp151common.txt snp151common
#build index
hisat2-build -p 6 --snp snp151common.snp --haplotype snp151common.haplotype --exon hg38_refseq.exon --ss hg38_refseq.ss ref_hg38.fa ref_hg38.fa.snp_gtf > hisat2_build.log 2>&1
#ref_hg38.fa.snp_gtf 是index的名字
這些東東要用hisat的函式重新處理一下 鏈結取數 條件存數
原子交換原語 將暫存器中的乙個值和儲存器中的乙個值相互交換。採用指令對的方法實現單個的原子儲存器操作。這一指令對包括鏈結取數指令和條件存數指令。示例 ll s1,20 s2 含義 s1 memory s2 20 條件存數指令 儲存暫存器的值,如果執行成功將暫存器的值修改為1,否則修改為0。示例 sc...
免費wifi存隱患 ssl鏈結保安全
調查顯示,約六成餐廳已提供wifi服務。不過,市網際網路協會相關負責人指出,公共場所wifi安全問題不容忽視,由於安全措施較差,黑客可通過網路監聽 密碼攻擊 會話劫持 指令碼注入和後門植入等方式進行攻擊,從而盜取各類賬號和密碼。央視財經提醒使用者,為了保證您的個人資訊保安,在公共場所盡量不要使用那些...
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