自用存鏈結 RNA Seq軟體

2021-10-13 05:38:25 字數 886 閱讀 9117

cutadapt:

含流程,含各種:

hisat2和star:

當注釋檔案非常詳細時,建議使用star或hiset2

hisat2能夠處理snp資訊,可以同時比對dna和rna

關於hisat2的使用

(1)hisat2 index的構建

可以輸入的資訊包括:

①snp資訊

dbsnp common檔案

②可變剪下資訊

gtf/gff檔案

③參考基因組序列

genome fasta檔案

用hisat2 build index:

#生成外顯子資訊

hisat2_extract_exons.py hg38_refseq.gtf > hg38_refseq.exon

#生成可變剪下位點資訊

hisat2_extract_splice_sites.py hg38_refseq.gtf > hg38_refseq.ss

#生成snp和單倍體資訊

hisat2_extract_snps_haplotypes_ucsc.py ref_hg38.fa snp151common.txt snp151common

#build index

hisat2-build -p 6 --snp snp151common.snp --haplotype snp151common.haplotype --exon hg38_refseq.exon --ss hg38_refseq.ss ref_hg38.fa ref_hg38.fa.snp_gtf > hisat2_build.log 2>&1

#ref_hg38.fa.snp_gtf 是index的名字

這些東東要用hisat的函式重新處理一下

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